גונדוקורו הייתה תחנת סחר ומיסיון נוצרי שפעלה במאה ה-19 לספירה בגדה המזרחית של הנילוס הלבן בדרום סודאן, בקרבת העיר ג'ובה, ודרומית כ-750 קילומטר מהעיר חרטום. המסחר התקיים מחרטום דרך הנילוס הלבן והמשיך דרך היבשה לאוגנדה.
