פורמט FASTA

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
קפיצה אל: ניווט, חיפוש

פורמט FASTA הוא מונח בביואינפורמטיקה המתאר את צורת הכתיבה המוסכמת לייצוג של רצף הנוקלאוטידים בחומצת גרעין או את רצף חומצות האמינו בחלבון.

תיאור הפורמט[עריכת קוד מקור | עריכה]

בשורת הפתיחה יופיע הסימן “<” ולאחריו תיאור הרשומה. בשורות לאחר מכן מופיע הרצף, וכל נוקלאוטיד או חומצה אמינית מיוצגים באות אחת ללא רווחים או מספור.

לדוגמה, רצף החומצות אמינו בחלבון קלמודולין מוצג בפורמט FASTA:

>MCHU - Calmodulin - Human, rabbit, bovine, rat, and chicken
ADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTID
FPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREA
DIDGDGQVNYEEFVQMMTAK*
P biology.svg ערך זה הוא קצרמר בנושא ביולוגיה. אתם מוזמנים לתרום לוויקיפדיה ולהרחיב אותו.