ריצוף DNA

		יש להשלים ערך זה: ערך זה עשוי להיראות מלא ומפורט, אך עדיין חסר בו תוכן מהותי. ייתכן שתמצאו פירוט בדף השיחה.
		הנכם מוזמנים להשלים את החלקים החסרים ולהסיר הודעה זו. שקלו ליצור כותרות לפרקים הדורשים השלמה, ולהעביר את התבנית אליהם.	עריכה

חלק מג'ל עם מקטעי DNA מסומנים

ריצוף DNA (בעברית הַרְצָפָה) הוא תהליך של קביעת סדר הנוקלאוטידים בקטע DNA נתון, כלומר, מציאת רצף ה-DNA. בגלל חשיבותו של תהליך הריצוף, פותחו שיטות לריצוף מהיר של מקטעים ארוכים. עדיין, שיטת הריצוף השכיחה ביותר, ואשר באמצעותה נקבעו מרבית הרצפים הגנטיים הידועיים כיום מאפשרת קריאה של מקטעים קצרים יחסית, בדרך כלל פחות מ-1000 בסיסים (נוקלאוטידים). ריצוף מקטעים ארוכים יותר נעשה על ידי חיתוך ה-DNA למקטעים קצרים וחופפים, ריצוף של כל אחד מהם בנפרד, והרכבת הרצף הארוך על פי הקטעים החופפים.

ריצוף בשיטת Sanger

דוגמה לשימוש ב4 צבעים פלואורסנטיים

שיטת ריצוף ה-DNA הנפוצה ביותר היא שיטת Sanger שפותחה על ידי פרדריק סנגר בשנת 1975 ושכלל ב-1977. על פיתוח השיטה והשימוש בה, זכה סנגר בפרס נובל שני בכימיה בשנת 1980. בשיטה זו משתמשים בפריימרים (תחלים) המתאימים לרצף DNA הצמוד לקטע אותו רוצים לרצף, ובאנזים דנ"א-פולימראז, המשמש להארכת הפריימר (תחל) ליצירת רצף משלים לקטע ה-DNA. בנוסף, יש לספק לתגובה האנזימטית גם dNTPs מארבעת הסוגים (A, T, C ו-G). מבצעים 4 תגובות מקבילות שלכל אחת מהן מספקים גם ddNTP אחד (C, T, A או G) בו יש מימן (במקום הידרוקסיל) גם בעמדה '3 בנוסף לעמדה '2. שילוב של ddNTP ברצף ה-DNA המסונתז במבחנה יביא לעצירת הפולימריזציה. כך, מתקבלים מגוון רצפים שנקטעו באורכים שונים.

הרצת תוצרי התגובות האנזימטיות בג'ל אגרוז בעל יכולת הפרדה של נוקלאוטיד אחד מספקת את הרצף. בכל מבחנה יהיו תוצרים שאורכם הוא המרחק מהתחל ועד הבסיס/הנוקלאוטיד המסוים שהוסף לאותה תגובה בתור ddNTP. כיום נהוג להשתמש במערכות אוטומטיות וב-ddNTPs פלואורסנטיים. מערכות אלה יכולות להשתמש ב-4 חומרים פלואורסנטיים שונים, דבר המאפשר הרצת כל הריאקציות על אותו ג'ל והפרדה בין ה-ddNTPs השונים על פי הפלואורסנציה שלהם.

שיטה אחרת היא ריצוף פירו - Pyrosequencing.

קישורים חיצוניים

• דוידסון אונליין - מאגר מדע: קביעת רצף דנ"א סרטון עם הסברים.