נולד בירושלים לשמעון יהושע קלוגר, חסיד צאנז. נשוי לבתו של מרדכי יהודה הרצל בנו של המשפיע החב"די הרב פנחס הרצל. אחיו הוא משה מנחם קלוגר, מנהל מוסדות קבר רחל.
למד בבחרותו בישיבת צאנז בנתניה. לאחר חתונתו התגורר בירושלים ולאחר מכן עבר לבית שמש. בסביבות שנת תשנ"ה התחיל ללמוד את תורת ברסלב אצל הרב ניסן דוד קיוואק. במהלך השנים עזב את הכולל והחל ללמוד באופן עצמאי, בעיקר את תורת חב"ד, ברסלב וספרי חסידות כלליים. במקביל העמיק את ידיעותיו בקבלה. לאחר שרכש ידיעות רחבות בספרי חסידות החל למסור שיחות בסעודה שלישית בבית הכנסת ברסלב בבית שמש. בסביבות שנת תש"ס החל למסור שיעורים ושיחות לחסידים. בסביבות שנת תשס"ד פתח בית מדרש וכולל בבית שמש בשם נזר ישראל.
בקהילה יש כיום כמה מאות חסידים מכל העולם ועוד מאות אוהדים. מדי ראש השנה נוסע קלוגר עם חסידיו לאומן ומקיים שם מניין עצמאי. אחד מכותבי שיחותיו הוא תלמידו הסופר הרב ברוך לב. במשך שנתיים פרסם הרב לב בעיתון המודיע מדור בשם 'דברי חכמים בנחת' ובו שיחות מהרב קלוגר. המדור נאסף בשני כרכים עם השם הנ"ל.
תורתו של הרב קלוגר נוגעת בין היתר במנוחת הנפש, יציאה ממוסכמות, עשיית המצוות מתוך הרגשה של יחס אב ובן לקדוש ברוך הוא ועם ישראל. את שיעוריו ניתן לשמוע גם בקול הלשון.
רב חסד - שיעורים בספר סיפורי מעשיות (עד כה שלושה כרכים, עד מעשייה י"ב; מבעל תפילה).
נפלאותיך אשיחה - שיעורים על תורות א, ה, ח - בספה"ק ליקוטי מוהר"ן תניינא, ע"ד הפרדס. כולל דברי הכנה לר"ה.
צרופה אמרתך - מאמרים בפרד"ס התורה מיוסדים על עומק פנימיות תורת האריז"ל והחסידות.
פרחה הגפן - עניינים מרתקים על סדר הפרשיות ומועדי השנה. שילוב נפלא של סוגיות - בנגלה בכל חלקי הש"ס ראשונים ואחרונים. ביחד עם הארת הדברים - בפנימיות וחסידות עד לעובדא למעשה בעבודת הש"י בדרכי הצדיקים.