בשנת 1972 שלחה אוגנדה לראשונה משלחת בת שני ספורטאים למשחקים הפאראלימפיים שהתחרו במקצועות ההדיפת כדור ברזל והטלת כידון. למשחקים בטורונטו בשנת 1976 שלחה אוגנדה נציג בודד שהתמודד בתחרות הרמת כוח. לאחר 20 שנה בהם לא שלחה אוגנדה משלחת למשחקים הפאראלימפיים, חזרה אוגנדה להשתתף במשחקים בשנת 1996.
אל משחקי החורף שלחה אוגנדה שתי משלחות לשתי התחרויות הראשונות (1976 ו-1980) והייתה המדינה הראשונה מיבשת אפריקה להתחרות במשחקי החורף. ספורטאי אוגנדה לא הגיעו להישגים ספורטיביים משמעותיים במשחקים.