במשך מרבית קיומה אוניברסיטה נוהלה על ידי הכנסייה הקתולית, והיא נסגרה באופן חלקי בשנת 1782 על ידי הקיסר יוזף השני בניסיון להשיג שליטה ממלכתית על מוסדות חינוך. בשנת 1827 היא הוקמה מחדש כאוניברסיטה על ידי פרנץ השני, ולכן בשמה המלא היא נקראת על שמו. בשנת 1848 האוניברסיטה הפכה לעצמאית מן הכנסייה הקתולית.
האוניברסיטה מחולקת לשש פקולטות, והשתיים הגדולות בהן הן הפקולטה לאמנויות ומדעי הרוח והפקולטה למדעי הטבע. שאר הפקולטות הן הפקולטה למשפטים; הפקולטה למדעי העסקים, הכלכלה והחברה; הפקולטה למדעי הסביבה והחינוך; והפקולטה לתאולוגיה קתולית. הפקולטה לרפואה הופרדה מהאוניברסיטה על ידי חקיקה בשנת 2004 והפכה לאוניברסיטה עצמאית. בגלל מיקומה הגאוגרפי של האוניברסיטה הסמוך לגבול עם סלובניה ושתי הערים הגדולות בה (מריבור וליובליאנה), היא משכה באופן מסורתי סטודנטים רבים מסלובניה ושימשה שער לדרום מזרח אירופה עבור חוקרים, מדענים ועסקים אוסטרים.