המשלחת הראשונה של גינאה המשוונית למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור והייתה המשלחת הגדולה ביותר שגינאה המשוונית שלחה עד כה. המשלחת כללה 21 ספורטאים שהתחרו בשני ענפי ספורט. נבחרות הנערות בכדורגל זכתה במדליית כסף. בענף האתלטיקה ספורטאי המשלחת לא הגיעו להישגים וסיימו במקומות האחרונים. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג מנתה שני ספורטאים שהתחרו בשני ענפים: אתלטיקה וטאקוונדו. המשלחת סיימה במקומות האחרונים והשתתפותה היא סמלית.