הסמל עוצב על ידי משה מושקוביץ, ראש המועצה הראשון של אפרת. האלמנטים שמרכיבים את הסמל:
מבנה עם כיפה בצבע חום – מסמלת את קבר רחל, הנמצא על אם הדרך לאפרת, עליה כתוב שנקברה ב"בדרך אפרתה" (בראשית, ל"ה, י"ט). מבטא גם את השאיפה לקיים את הפסוק "ושבו בנים לגבולם" (ירמיה, ל"א, ט"ז)
בית עם גג אדום – מסמל את האופי הכפרי של ההתיישבות באפרת
תלמי שדה אפרת ושני עצים – סמל לרצון התושבים להכות שורשים באדמת המולדת
הסמל עוצב על ידי יולי צ'רניאק תושבת המועצה. האלמנטים שמרכיבים את הסמל:
טופוגרפיה - הרי מערב השומרון, האזור בו שוכנת המועצה.
צומח - עצים נמוכי קומה האופיינים לאזור.
חי - בלב הסמל, צבי ארץ ישראלי בעת זינוק, מייצג תנופה והתפתחות.
מגורים - בית רעפים כפרי קטן, מתוך חזון חלוצי המתיישבים ליישוב כפרי וקהילתי.
בעיצובו המקורי, במרכז הסמל היה ניצב אייל ולא צבי. כשנבחר להיות לסמל המועצה הרשמי תושבים ציינו כי באזור נמצאים צבאים ולא איילים, במהרה עודכן הסמל לעיצובו הנוכחי.
