174 נבחרות לאומיות נרשמו למוקדמותמונדיאל 1998, והתחרו על 32 מקומות בטורניר הגמר, שהיו עלייה של שמונה מקומות בהשוואה לארבעת המונדיאלים הקודמים. חידוש נוסף בטורניר היה הענקת שלוש נקודת על ניצחון במקום שתי נקודות כמו בטורנירים הקודמים. צרפת, המארחת, וברזיל, האלופה המכהנת, העפילו אוטומטית והותירו 30 מקומות לשאר הנבחרות.
לאירופה (אופ"א) הוקצו 15 מקומות, מתוכם 1 לצרפת ועל 14 המקומות הנותרים התחרו 49 נבחרות.
49 הנבחרות האירופיות חולקו לארבעה בתים בני שש נבחרות כל אחד ולחמישה בתים בני חמש נבחרות כל אחד, ובסך הכל לתשעה בתים. הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. הנבחרת הראשונה בכל בית העפילה. הנבחרות שסיימו במקום השישי דורגו בטבלה נפרדת לפי הישגיהן מול הנבחרות שסיימו במקום ה-1, ה-3 וה-4 בבתים שלהן, ונבחרת בעלת המאזן הטוב ביותר מבחינה זו העפילה ישירות גם כן. שאר הנבחרות חולקו לזוגות, ושיחקו בצמד משחקי פלייאוף בשיטת בית-חוץ על ההעפלה.
שיבוץ הנבחרות לבתים נקבע לפי קבוצות הדירוג המפורטות להלן:
כאשר התחילו משחקי הבית, אסטוניה שיחקה שלוש שניות במשחק נגד סקוטלנד, משחק שכונה בתקשורת קבוצה אחת בטאלין. הסקוטים התלוננו על מצב התאורה באצטדיון קדריורג בטאלין והמשחק הועבר לשעת בוקר. להעברה לשעת בוקר היו השלכות גרועות כגון, אובדן כספי טלוויזיה ובמחאה על כך, האסטונים לא הגיעו למשחק והשופט הפסיק את המשחק לאחר שלוש שניות.