האזכור הראשון של תושבי ניסה היהודים היה משנת 1319. המקורות מזכירים גם יהודים בשנת 1350. באותה תקופה היהודים העדיפו להתגורר בנפרד מיתר תושבי העיר על כן הם התכנסו לרחוב אחד שבו גרו רק היהודים, באותו הרחוב היה בית כנסת. מאוחר יותר נקרא הרחוב יודנגאסה-Judengasse (סימטת היהודים).
בשנת 1350 הוקם בית הקברות היהודי הראשון בעיר .
בשנת 1410 הוקם בית כנסת מעץ.
בשנת 1861 הקהילה היהודית בניסה הגיע לגודלה המרבי, באותה שנה חיו בניסה 464 יהודים.
בשנת 1892 הוקם בית כנסת חדש מלבנים ברחוב ג'וזפשטראסה 13 Josephstrasse. לידו היה בית ספר יהודי.
אירועי ליל הבדולח (9–10 בנובמבר 1938) פגעו קשות בקהילה היהודית. הפוגרום היה אכזרי. בית הכנסת נהרס, מבלי שהוצת. חמושים נאצים הרסו את בנייני הקהילה היהודית, בתי מלאכה, בית מרקחת, משרד רופאי שיניים, 11 חנויות ו- 31 בתים יהודיים. לאחר האירועים האלה עזבו רוב היהודים את ניסה; רק 152 יהודים נותרו בעיר.