לצורך הקמת החלק המרכזי של קו הרכבת המהיר לירושלים יוקם שטח התארגנות גדול במיוחד בסמוך למחלף שער הגיא. שטח ההתארגנות מעורר דאגה רבה בקרב תושבי האזור והנוסעים בכביש 1. הללו מפחדים ששטח ההתארגנות יהווה בעצם "עיירה תעשייתית" שתשתרע על-פני 220 דונם ותעסיק מאות עובדים ועשרות משאיות בכל שעות היממה. החשש העיקרי הוא הרעש שייגרם כתוצאה מפעולתן של מכונות הקידוח גדולות הממדים (קוטר של 10 מ', זחל מתכת באורך 200 מטר) ומפיצוצים מבוקרים לפינוי סלעים. (אתר "גלובס" - 29 בינואר 2009)
מנכ"ל רכבת ישראליצחק הראל פנה למשרד האוצר כדי לגבש חבילות תמחור חדשות עבור נוסעי הרכבת, שיוזילו את כרטיסי הנסיעה בשעות שבהן אין עומס ברכבות. שעות השפל הן בין 09:00 בבוקר ל-15:00 אחר הצהרים ובין 19:00 בערב ל-06:00 בבוקר. בחברת הרכבת מקווים כי הוזלת שעות השפל תסייע לפזר את עומס הנוסעים על פני כל שעות היממה. (אתר "ynet" - עשרים-ושמונה בינואר 2009)
רמות השכר של בכירי רכבת ישראל, כפי שהן משתקפות מדו"ח השכר במגזר הציבורי שפרסם משרד האוצר, עומדות על עשרות אלפי שקלים בחודש (בין 33 ל-69 אלף ש"ח). כמו כן, מהדו"ח עולה כי בכירים רבים (סמנכ"לים ומנהלי אגפים) בעצם עוסקים בתחומים חופפים ומחזיקים בתארים דומים. שיאן השכר של חברת הרכבת הוא שאול עוקיש, מנהל "אגף הרווחה" ויו"ר ועד העובדים הארצי, שנחשד לאחרונה בקבלת דבר במרמה והפרת אמונים. (אתר "ynet" - עשרים-ואחד בינואר 2009)
חברת "ביסטופ" זכתה, ככל הנראה, במכרז רכבת ישראל להפעלת מזנון בתחנת הרכבת תל אביב השלום, ותשלם בעבור זה 1.5 מיליון ש"ח מדי שנה (פי 5 מהמפעילה הקודמת של המזנון). לעומת זאת, בתחנת הרכבת תל אביב מרכז יופעל מזנון על ידי חברת הסעדה כמעט אלמונית בשם "שף טעמים" הממוקמת בעכו ושנמצאת בבעלות ציפורה טהר. תמורת הזכייה במכרז, חברת "שף טעמים" תשלם לחברת הרכבת 2.7 מיליון ש"ח מדי שנה (חצי מיליון ש"ח יותר מהמפעילה הקודמת), עלות שכלכלנים מעריכים אותה כ"מחיר הפסד" לזכיינית. (אתר "כלכליסט" - 20 בינואר 2009)
נשף העובדים השנתי של רכבת ישראל שוב נמצא בסכנת ביטול. לאחר שהמנכ"ל הורה על ביטולו, על רקע המשבר הכלכלי העולמי, ולאחר שהוחלט לקיימו בכל זאת, האירוע החגיגי שוב עומד בפני ביטול, בשל קריסתו הכלכלית של גן האירועים שבו היה אמור להתקיים. (אתר "The Marker" - עשרים בינואר 2009)
בעקבות פשיטת המשטרה על משרדי ועד העובדים של רכבת ישראל והתקדמות החקירה בעניינם של ראשי הוועד, הומלץ להעמיד לדין את יו"ר ועד העובדים שאול עוקיש וסגנו מיכה חיון בגין שוחד, קבלת דבר במרמה והפרת אמונים. חוקרי המשטרה מצאו כי, לכאורה, ראשי הוועד היטו מכרזים לאספקת שירותים לטובת חברות שהעבירו לידיהם 10% מסכום הזכייה במכרז. כמו כן, עוקיש וחיון נחשדים כי גבו "דמי כניסה" מעובדים זוטרים שהתקבלו לעבודה בחברה. (אתר "The Marker" - תשעה בינואר 2009)
חברת "השמירה", המספקת לרכבת ישראל את כוח האדם לעמדות התצפיתנים במפגשי הכביש-מסילה ברחבי הארץ, נענתה בחיוב על ידי בית המשפט המחוזי בתל אביב. "השמירה" טענה בפני בית המשפט כי חברת "מודיעין אזרחי", שזכתה במכרז החדש של חברת הרכבת לאיוש עמדות התצפיתנים, הגישה תצהיר כוזב ולכן זכייתה במכרז אינה כשרה. לבקשת החברה, בית המשפט הוציא צו ביניים לעצירת ההתקשרות בין חברת הרכבת לחברת "מודיעין אזרחי". (אתר "Nrg" - אחד בינואר 2009)
מכרז הכרטוס החכם של רכבת ישראל עומד במרכזה של תביעה שהוגשה על ידי קונצרן "אינדרה" הספרדי. הקונצרן התמודד במכרז הכרטוס החכם של חברת הרכבת ונפסל כבר בשלביו המוקדמים. לטענת באי כוחו של קונצרן "אינדרה", חברת הבדיקה שפסלה את הקונצרן היא חברת "לינק", אחת המתחרות העיקריות של "אינדרה" באירופה. בית המשפט המחוזי בתל אביב ייאלץ לקבוע כעת אם לדחות את התביעה או להורות לרכבת ישראל לפתוח את המכרז מחדש, ובכך לעכב את פרויקט הכרטוס החכם. (אתר "The Marker" - אחד בינואר 2009)