תפקיד ראש מטה ההגנה הוקם ב-4 במאי1925. ראש מטה ההגנה שימש כמפקד הצבא המלכותי האיטלקי לתקופה של שנתיים. ביוני 1941 הפך המטה הכללי מסיבות צבאיות לפיקוד העליון של הצבא. מבנה זה נשמר עד סיום מלחמת העולם השנייה, ופירוק הצבא המלכותי שבא בעקבותיה. ב-4 בפברואר1947 הקימה הממשלה הרפובליקנית האיטלקית מחדש את משרד ההגנה ועמו את תפקיד ראש מטה ההגנה. בשונה מהתפקיד שהיה קיים בצבא המלכותי, בצבא הרפובליקה נקבע כי ראש מטה ההגנה יכול לבוא משלוש זרועות הכוחות המזוינים ולא רק משורות הצבא. עם זאת, ראש מטה ההגנה נחשב רק כ"ראשון בין שווים" ביחס לראשי המטות של שלוש זרועות הכוחות המזוינים. ב-18 בפברואר1997 שונה החוק כך שראש מטה ההגנה נחשב לבכיר יותר משאר ראשי המטות, והפך למפקד בפועל של הכוחות המזוינים הכפוף רק לשר ההגנה.
בשנת 2000 הפכו הקרביניירי לזרוע עצמאית בכוחות המזוינים. עם זאת, החוק הקובע כי ראש מטה ההגנה יכול לבוא רק משורות הצבא, הצי, וחיל האוויר ולא משורות הקרביניירי, נותר בעינו.