שיחה:פרדוקס לוינתל
צ'ה, אני לא חושב שאנלוגיית המשפך ברורה דיה. חוץ מזה יש כמובן מה להוסיף על המחקר מאז לוינתל. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 01:40, 16 בפברואר 2007 (IST)
- אתה מוזמן לתקן. להוסיף את פהרשט ואחרים? זה נראה לי לערך אחר... --> צ'כלברה . דבר . שב . צחק 01:42, 16 בפברואר 2007 (IST)
- כן, אתה צודק - זה שייך לקיפול חבונים. הבעיה פה שאתה מניח שהקורא יבין את האנלוגיה של דיאגרמות אנרגיה. אבל זה לא ברור מאליו. אני אנסה להרחיב מחר. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 01:44, 16 בפברואר 2007 (IST)
1. האם אפשר להסביר את ה"חשבון הפשוט" שנותן 10^300 במקום 3^300? 2. דוגמת המשפך מטעה ביותר. הייתי רוצה לראות כדור מתגלגל במורד משפך 300-ממדי ומוצא את האזור בעל האנרגיה המינימלית. בלי לדעת שום דבר על כימיה של חלבונים, ההסבר צריך להיות פשוט בהרבה - כל מולקולה בחלבון ממזערת את האנרגיה הפרטית שלה, והמינימום מתקבל מעצמו. עוזי ו. 01:50, 16 בפברואר 2007 (IST)
- אבל זה בדיוק מה שמנסה להדגים המודל הזה. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 01:55, 16 בפברואר 2007 (IST)
כתבתי לפני התנגשות עריכה: 1. התכוונתי ל3 בחזקת 300 כמובן.
2. המשפך הוא לא דוגמה - הוא התיאוריה המקובלת היום בתחום. כל תצורת קיפול היא מיקרו-מצב ואילו כל חתך רוחב הוא מאקרו-מצב (כלל המיקרו-מצבים בעלי אותה רמה אנרגטית). מצד שני המשפכים היום אינם חלקים יש בהם "הרים וגבעות" - מינימות ומקסימות מקומיים (פרט למינמה הגלובלית בתחתית המשפך). --> צ'כלברה . דבר . שב . צחק 01:57, 16 בפברואר 2007 (IST)
- ליתר דיוקץ למעשה כיום מקובל כי המינימום המוחלט הוא מצב אגרגטיבי בעוד הקיפול הנאטיבי הוא רק מינימום מקומי. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 02:11, 16 בפברואר 2007 (IST)
- בגדול אתה כמובן צודק, אבל המשפך מתייחס למונומר היחיד כך שהמינימה הגלובלית במשפך היא המצב הנטיבי. --> צ'כלברה . דבר . שב . צחק 02:13, 16 בפברואר 2007 (IST)
- ליתר דיוקץ למעשה כיום מקובל כי המינימום המוחלט הוא מצב אגרגטיבי בעוד הקיפול הנאטיבי הוא רק מינימום מקומי. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 02:11, 16 בפברואר 2007 (IST)
- המשפך אינו תאוריה אלא סיפור: אפשר לדמיין מרחב שבו כל תצורת קיפול היא מיקרו-מצב, ולסדר אותו לפי רמת האנרגיה. בזה אין שום חידוש. כעת, מתחבאת במשפך טענה אימתנית - צעדים אקראיים במרחב הזה, שיש בהם הטית-מה לכיוון האנרגיה הפחותה, מביאים בסופו של דבר (ובמהירות) לנקודת המינימום הגלובלית. האם הסיבה אינה מה שכתבתי לעיל, שכל מולקולה דואגת לעצמה? עוזי ו. 02:22, 16 בפברואר 2007 (IST)
- הייתי מסתייג מלהאניש את המולקולות, אבל אני מבין את כוונתך. זו צורה שונה להגיד אותו הדבר. המשפך הוא מודל המתאר בדיוק את זה. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 02:25, 16 בפברואר 2007 (IST)
- אני חושב שדימוי המשפך מחמיץ לחלוטין את התהליך בפועל. משפך מתאר תופעה שבה הילוך מקרי במרחב המצבים, תוך מתן סיכוי גבוה יותר לצעדים המפחיתים את האנרגיה, יביא בסופו של דבר למינימום מקומי. התאור הזה מתאים במידת מה להתנהגות של כל אטום בנפרד (כאשר הצעדים מושפעים מן הכוחות שממזערים את האנרגיה, מקומית). אבל החלבון מתקפל מסיבה אחרת לגמרי: משום שהאטומים שלו ממזערים אנרגיה (הם, בתורם, מפעילים לצורך כך המון משפכים קטנים). אלו שתי רמות פעולה שונות. עוזי ו. 17:51, 20 בפברואר 2007 (IST)
- הייתי מסתייג מלהאניש את המולקולות, אבל אני מבין את כוונתך. זו צורה שונה להגיד אותו הדבר. המשפך הוא מודל המתאר בדיוק את זה. קרני • שיחה • זה הזמן ל... 02:25, 16 בפברואר 2007 (IST)
- אתה ממש רחוק - אבל זאת אשמתי המלאה. הייתי צריך לכתוב את הערכים אפקט הידרופובי ומשפך אנרגיה לפי כתיבת ערך זה. --> צ'כלברה . דבר . שב . צחק 19:48, 20 בפברואר 2007 (IST)
- אני מחכה להסבר לגבי המרחק. עוזי ו. - שיחה 22:07, 11 באוקטובר 2008 (IST)
שאלה[עריכת קוד מקור]
מה פירוש "תצורות...מועדפות יותר מבחינה אנרגטית"? pacman - שיחה 13:36, 17 ביוני 2008 (IDT)
- תצורה שיש לה פחות אנרגיה פוטנציאלית. כמו גומיה שמונחת על השולחן לעומת גומיה מתוחה סביב כדור - התצורה הראשונה מועדפת מבחינה אנרגטית. עוזי ו. - שיחה 23:45, 17 ביוני 2008 (IDT)
- תודה. pacman - שיחה 00:17, 18 ביוני 2008 (IDT)
שאלה נוספת[עריכת קוד מקור]
אם החלבונים אינם מתקפלים לפי הגיון מסוים, אלא "קורסים" אוטומטית לתצורה מועדפת מבחינה אנרגטית, איך זה שהמבנה הספציפי האופייני לכל חלבון, שלא נבחר כדי להתאים לתפקוד של החלבון, הוא המבנה האופטימלי של פעילות החלבון, והחלבון מבצע בהצלחה את פעולתו? pacman - שיחה 09:50, 10 באוקטובר 2008 (IST)
- מה פירוש "המבנה האופטימלי"? זה המבנה היחיד של החלבון. אם השאלה היא למה המבנה של החלבון עושה דווקא מה שהחלבון עושה, זה קצת כמו לשאול למה הברדלס טוב דווקא בציד מהיר ולא באיסוף פלנקטון או תכנות רשתות מחשבים. עוזי ו. - שיחה 22:06, 11 באוקטובר 2008 (IST)
- השאלה שלי היתה מכוונת יותר כלפי האבולוציה. נגיד שנוצר חלבון חדש בשל מוטציה. מה הסיכוי שרצף חומצות האמינו בחלבון יהיה כזה, שהוא יקבל דווקא מבנה שיעשה פעילות חיובית? כלומר - איך במהלך האבולוציה נבררו האנזימים והחלבונים המבניים שבגוף כדי שיפעלו כהלכה? pacman - שיחה 22:56, 11 באוקטובר 2008 (IST)
- אם החלבון החדש שנוצר עובד טוב ומועיל, הפרט בעל המוטציה שיצרה את החלבון ישרוד יותר טוב ויהיו לו יותר צאצאים והמוטציה תופץ. אם החלבון אינו מועיל, המוטציה תעלם.יואלפ - שיחה 08:57, 19 באוקטובר 2008 (IST)
- זה ברור לי...אבל מה הסיכוי שיווצר חלבון מועיל? pacman - שיחה 10:00, 19 באוקטובר 2008 (IST)
- אם החלבון החדש שנוצר עובד טוב ומועיל, הפרט בעל המוטציה שיצרה את החלבון ישרוד יותר טוב ויהיו לו יותר צאצאים והמוטציה תופץ. אם החלבון אינו מועיל, המוטציה תעלם.יואלפ - שיחה 08:57, 19 באוקטובר 2008 (IST)
- השאלה שלי היתה מכוונת יותר כלפי האבולוציה. נגיד שנוצר חלבון חדש בשל מוטציה. מה הסיכוי שרצף חומצות האמינו בחלבון יהיה כזה, שהוא יקבל דווקא מבנה שיעשה פעילות חיובית? כלומר - איך במהלך האבולוציה נבררו האנזימים והחלבונים המבניים שבגוף כדי שיפעלו כהלכה? pacman - שיחה 22:56, 11 באוקטובר 2008 (IST)
קישור שבור[עריכת קוד מקור]
במהלך מספר ריצות אוטומטיות של הבוט, נמצא שהקישור החיצוני הבא אינו זמין. אנא בדקו אם הקישור אכן שבור, ותקנו אותו או הסירו אותו במקרה זה!
- http://sosnick.uchicago.edu/Levinthal-1968-Extrait_du_Journal_de_Chimie_Ph.PDF
- In פרדוקס לוינתל on 2011-11-23 03:12:24, 404 Not Found
- In פרדוקס לוינתל on 2011-11-28 01:11:10, 404 Not Found
- In פרדוקס לוינתל on 2013-05-05 09:22:35, 404 Not Found
- In פרדוקס לוינתל on 2013-05-16 00:25:15, 404 Not Found