CAPS
CAPS (ראשי תיבות של Cleaved Amplified Polymorphic Sequence, ביקוע רצף פולימורפי מוגבר, לפעמים נקראת PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP)) היא טכניקה בביולוגיה מולקולרית לניתוח סמנים גנטיים בדנ"א. זוהי הרחבה לשיטת ה"פולימורפיזם של אורך קטעים" (RLFP), תוך שימוש ב"תגובת שרשרת של פולימראז" (PCR) המאפשר לנו לנתח כמות דנ"א קטנה ולזרז את ניתוח התוצאות.
כמו RLFP, שיטת CAPS מתבססת על העיקרון כי הבדלים גנטיים בין אנשים, הנגרמים בעקבות סניפים או בעקבות מוטציה החדרה או השמטה, יכולים ליצור או לבטל אתרי הגבלה של אנזימי הגבלה (restriction endonuclease), וכי ניתן לזהות הבדלים אלה באורך מקטע הדנ"א לאחר פעילות האנזים.
לרוב המרקרים המולקולריים לCAPS לוקוס ספציפי, וניתן לשתף אותם בין מעבדות. בניגוד לשיטת RLFP, שיטת זו לא דורשת שימוש באיזוטופים רדיואקטיביים או בתספיג דרומי.
בשיטת הCAPS, הגברת PCR, המאפשרת לנתח כמות דנ"א קטנה, מכוונת על פני אתר ההגבלה שהשתנה, והתוצרים עוברים ביקוע על ידי אנזימי ההגבלה. כאשר תוצרים אלה מופרדים על ידי ג'ל אגרוז (Agarose), פחמימה הדומה לאגר, או באלקטרופורזה בג'ל, ניתן להבחין ביתר קלות על דפוסים שונים בבנדים של תוצרי PCR.
לחלופין, ניתן לנתח את הקטע המוגבר על ידי פרובים אוליגונוקלאוטידים לאללים ספציפיים (אנ'), תהליך שלעיתים קרובות יכול להיעשות על ידי Dot Blot (אנ').