מכתום נולד בעיר דובאי, בן למשפחת אאל מכתום. הוא נבחר לראשונה לתפקיד ראש הממשלה ב־1971 ושירת בתפקיד עד 1979 כאשר אביו, שייח' ראשד בן סעיד אאל מכתום, החליפו. ב־1990 שוב לקח על עצמו את התפקיד. מכתום שלט בדובאי יחד עם אחיו שייח' מוחמד (נסיך הכתר, ושר ההגנה) ושייח' חמדאן (שר האוצר).