FlyBase – הבדלי גרסאות

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
עיון אינטראקטיבי בהיסטוריה
→ העריכה הקודמתהעריכה הבאה ←
תוכן שנמחק תוכן שנוסף
חזותיקוד ויקי
Roi rabi (שיחה | תרומות)
41 עריכות
אין תקציר עריכה
Roi rabi (שיחה | תרומות)
41 עריכות
אין תקציר עריכה
שורה 1: שורה 1:
פלייבייס (FlyBase){{הערה|1=https://flybase.org/}} הוא מסד נתונים ביואינפורמטיקאי מקוון והמאגר העיקרי של נתונים גנטיים ומולקולריים עבור משפחת החרקים התסיסניתיים, הידועים גם בתור [[דרוזופילה]] (Drosophilidae)<ref>{{cite journal |last1=Thurmond |first1=Jim |last2=Goodman |first2=Joshua L |last3=Strelets |first3=Victor B |last4=Attrill |first4=Helen |last5=Gramates |first5=L Sian |last6=Marygold |first6=Steven J |last7=Matthews |first7=Beverley B |last8=Millburn |first8=Gillian |last9=Antonazzo |first9=Giulia |last10=Trovisco |first10=Vitor |last11=Kaufman |first11=Thomas C |last12=Calvi |first12=Brian R |last13=Perrimon |first13=Norbert |last14=Gelbart |first14=Susan Russo |last15=Agapite |first15=Julie |last16=Broll |first16=Kris |last17=Crosby |first17=Lynn |last18=Santos |first18=Gilberto dos |last19=Emmert |first19=David |last20=Gramates |first20=L Sian |last21=Falls |first21=Kathleen |last22=Jenkins |first22=Victoria |last23=Matthews |first23=Beverley |last24=Sutherland |first24=Carol |last25=Tabone |first25=Christopher |last26=Zhou |first26=Pinglei |last27=Zytkovicz |first27=Mark |last28=Brown |first28=Nick |last29=Antonazzo |first29=Giulia |last30=Attrill |first30=Helen |last31=Garapati |first31=Phani |last32=Holmes |first32=Alex |last33=Larkin |first33=Aoife |last34=Marygold |first34=Steven |last35=Millburn |first35=Gillian |last36=Pilgrim |first36=Clare |last37=Trovisco |first37=Vitor |last38=Urbano |first38=Pepe |last39=Kaufman |first39=Thomas |last40=Calvi |first40=Brian |last41=Czoch |first41=Bryon |last42=Goodman |first42=Josh |last43=Strelets |first43=Victor |last44=Thurmond |first44=Jim |last45=Cripps |first45=Richard |last46=Baker |first46=Phillip |title=FlyBase 2.0: the next generation |journal=Nucleic Acids Research |date=8 January 2019 |volume=47 |issue=D1 |pages=D759–D765 |doi=10.1093/nar/gky1003|pmid=30364959 |pmc=6323960 |doi-access=free }}</ref>. בעיקר, עבור המין והאורגניזם המודל הנחקר ביותר, [[תסיסנית המחקר]] (Drosophila melanogaster). מגוון רחב של נתונים מוצג בפורמטים שונים.
פלייבייס (FlyBase){{הערה|1=https://flybase.org/}} הוא מסד נתונים ביואינפורמטיקאי מקוון והמאגר העיקרי של נתונים גנטיים ומולקולריים עבור משפחת החרקים התסיסניתיים, הידועים גם בתור [[דרוזופילה]] (Drosophilidae)<ref>{{cite journal |last1=Thurmond |first1=Jim |last2=Goodman |first2=Joshua L |last3=Strelets |first3=Victor B |last4=Attrill |first4=Helen |last5=Gramates |first5=L Sian |last6=Marygold |first6=Steven J |last7=Matthews |first7=Beverley B |last8=Millburn |first8=Gillian |last9=Antonazzo |first9=Giulia |last10=Trovisco |first10=Vitor |last11=Kaufman |first11=Thomas C |last12=Calvi |first12=Brian R |last13=Perrimon |first13=Norbert |last14=Gelbart |first14=Susan Russo |last15=Agapite |first15=Julie |last16=Broll |first16=Kris |last17=Crosby |first17=Lynn |last18=Santos |first18=Gilberto dos |last19=Emmert |first19=David |last20=Gramates |first20=L Sian |last21=Falls |first21=Kathleen |last22=Jenkins |first22=Victoria |last23=Matthews |first23=Beverley |last24=Sutherland |first24=Carol |last25=Tabone |first25=Christopher |last26=Zhou |first26=Pinglei |last27=Zytkovicz |first27=Mark |last28=Brown |first28=Nick |last29=Antonazzo |first29=Giulia |last30=Attrill |first30=Helen |last31=Garapati |first31=Phani |last32=Holmes |first32=Alex |last33=Larkin |first33=Aoife |last34=Marygold |first34=Steven |last35=Millburn |first35=Gillian |last36=Pilgrim |first36=Clare |last37=Trovisco |first37=Vitor |last38=Urbano |first38=Pepe |last39=Kaufman |first39=Thomas |last40=Calvi |first40=Brian |last41=Czoch |first41=Bryon |last42=Goodman |first42=Josh |last43=Strelets |first43=Victor |last44=Thurmond |first44=Jim |last45=Cripps |first45=Richard |last46=Baker |first46=Phillip |title=FlyBase 2.0: the next generation |journal=Nucleic Acids Research |date=8 January 2019 |volume=47 |issue=D1 |pages=D759–D765 |doi=10.1093/nar/gky1003|pmid=30364959 |pmc=6323960 |doi-access=free }}</ref>. בעיקר, עבור המין והאורגניזם המודל הנחקר ביותר, [[תסיסנית המחקר]] (Drosophila melanogaster). מגוון רחב של נתונים מוצג בפורמטים שונים.
מקור המידע בפלייבייס במגוון מקורות, החל מפרויקטים של [[גנום]] בקנה מידה גדול ועד לספרות המחקר העיקרית. סוגי נתונים אלה כוללים פנוטיפים מוטנטיים; אפיון מולקולרי של אללים מוטנטיים; סטיות אחרות: מפות ציטולוגיות, דפוסי ביטוי פראי, תמונות אנטומיות, מבנים והחדרות טרנסגניות, מודלים של גנים ברמת רצף וסיווג מולקולרי של תפקודי תוצר גנים <ref>{{cite journal|author1=Crosby, Madeline A|display-authors=etal|title=FlyBase: Genomes by the Dozen|publisher=Oxford Journals|year=2007|doi=10.1093/nar/gkl827|journal=Nucleic Acids Research|volume=35|issue=Database issue|pages=D486–D491|pmid=17099233|pmc=1669768|doi-access=free}}</ref>.
מקור המידע בפלייבייס במגוון מקורות, החל מפרויקטים של [[גנום]] בקנה מידה גדול ועד לספרות המחקר העיקרית. סוגי נתונים אלה כוללים פנוטיפים מוטנטיים; אפיון מולקולרי של אללים מוטנטיים; סטיות אחרות: מפות ציטולוגיות, דפוסי ביטוי פראי, תמונות אנטומיות, מבנים והחדרות טרנסגניות, מודלים של גנים ברמת רצף וסיווג מולקולרי של תפקודי תוצר גנים <ref>{{cite journal|author1=Crosby, Madeline A|display-authors=etal|title=FlyBase: Genomes by the Dozen|publisher=Oxford Journals|year=2007|doi=10.1093/nar/gkl827|journal=Nucleic Acids Research|volume=35|issue=Database issue|pages=D486–D491|pmid=17099233|pmc=1669768|doi-access=free}}</ref>.
כלי שאילתה מאפשרים ניווט של FlyBase דרך [[דנ"א]] או רצף [[חלבון]], לפי שם [[גן]] או [[מוטציה]], או דרך מונחים ממספר האונטולוגיות המשמשות ללכידת נתונים פונקציונליים, פנוטיפיים ואנטומיים. [[מסד הנתונים]] מציע מספר כלי שאילתה שונים על מנת לספק גישה יעילה לנתונים הזמינים ולהקל על גילוי קשרים משמעותיים בתוך מסד הנתונים.
כלי שאילתה מאפשרים ניווט של FlyBase דרך [[דנ"א]] או רצף [[חלבון]], לפי שם [[גן]] או [[מוטציה]], או דרך מונחים ממספר האונטולוגיות המשמשות ללכידת נתונים פונקציונליים, פנוטיפיים ואנטומיים. [[מסד הנתונים]] מציע מספר כלי שאילתה שונים על מנת לספק גישה יעילה לנתונים הזמינים ולהקל על גילוי קשרים משמעותיים בתוך מסד הנתונים.<ref>{{cite journal | pmc = 2238994 | pmid=18160408 | doi=10.1093/nar/gkm930 | volume=36 | issue=Database issue | title=FlyBase: integration and improvements to query tools | year=2008 | journal=Nucleic Acids Res. | pages=D588–93 | last1 = Wilson | first1 = RJ | last2 = Goodman | first2 = JL | last3 = Strelets | first3 = VB}}</ref>
קישורים בין FlyBase לבין מסדי נתונים חיצוניים, כגון BDGP או modENCODE, מספקים הזדמנויות לחקירה נוספת לתוך מסדי נתונים אחרים של אורגניזמים ומשאבים אחרים של מידע ביולוגי ומולקולרי. פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי זבובי דרוזופילה ומדעני מחשב מ[[אוניברסיטת הרווארד]] ו[[אוניברסיטת אינדיאנה]] בארצות הברית, ו[[אוניברסיטת קיימברידג']] בבריטניה.
קישורים בין FlyBase לבין מסדי נתונים חיצוניים, כגון BDGP<ref>[http://www.fruitfly.org BDGP]</ref> או <ref>[http://www.modencode.org modENCODE]</ref>modENCODE, מספקים הזדמנויות לחקירה נוספת לתוך מסדי נתונים אחרים של אורגניזמים ומשאבים אחרים של מידע ביולוגי ומולקולרי <ref>{{cite book | pmid = 18641940 | doi= 10.1007/978-1-59745-583-1_3| volume=420 | title=FlyBase: a database for the Drosophila research community | year=2008 | series=Methods Mol. Biol. | pages=45–59 | last1 = Drysdale | first1 = R}}</ref>. פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי זבובי דרוזופילה ומדעני מחשב מ[[אוניברסיטת הרווארד]] ו[[אוניברסיטת אינדיאנה]] בארצות הברית, ו[[אוניברסיטת קיימברידג']] בבריטניה.


==רקע==
==רקע==
תסיסינית המחקר הייתה אורגניזם ניסיוני מאז תחילת המאה ה-19, ומאז הוצבה בחזית תחומי מחקר רבים. כאשר תחום המחקר הזה התפשט והפך גלובלי, חוקרים שעבדו על אותן בעיות היו זקוקים לדרך לתקשר ולנטר את ההתקדמות בתחום. נישה זו מולאה בתחילה על ידי עלונים קהילתיים כמו שירות המידע של תסיסנית (DIS), שראשיתה ב-1934 כשהתחום החל להתפשט מהמעבדה של [[תומאס האנט מורגן]]. החומר בדפים אלה הציג 'קטלוגים' קבועים של מוטציות, וביבליוגרפיות של ספרות התסיסנית. עם התפתחה תשתית מחשבים בשנות ה-80 וה-90, הניוזלטרים הללו פינו את מקומם והתמזגו עם רשימות התפוצה באינטרנט, ואלה הפכו לבסוף למשאבים ונתונים מקוונים.
תסיסינית המחקר הייתה אורגניזם ניסיוני מאז תחילת המאה ה-19, ומאז הוצבה בחזית תחומי מחקר רבים <ref>{{cite web|title=An Introduction to Drosophila Melanogaster|publisher=BIOLOGY.ARIZONA.EDU|author=Pete Geiger|year=2002|url=http://biology.arizona.edu/sciconn/lessons2/Geiger/intro.htm|archive-url=https://web.archive.org/web/20130802033411/http://biology.arizona.edu/sciconn/lessons2/Geiger/intro.htm|archive-date=2 August 2013}}</ref>. כאשר תחום המחקר הזה התפשט והפך גלובלי, חוקרים שעבדו על אותן בעיות היו זקוקים לדרך לתקשר ולנטר את ההתקדמות בתחום. נישה זו מולאה בתחילה על ידי עלונים קהילתיים כמו שירות המידע של תסיסנית (DIS), שראשיתה ב-1934 כשהתחום החל להתפשט מהמעבדה של [[תומאס האנט מורגן]]. החומר בדפים אלה הציג 'קטלוגים' קבועים של מוטציות, וביבליוגרפיות של ספרות התסיסנית. עם התפתחה תשתית מחשבים בשנות ה-80 וה-90, הניוזלטרים הללו פינו את מקומם והתמזגו עם רשימות התפוצה באינטרנט, ואלה הפכו לבסוף למשאבים ונתונים מקוונים.
בשנת 1992, נתונים על הגנטיקה והגנומיקה של זבוב הדרוזופילה ומינים קשורים היו זמינים אלקטרונית דרך האינטרנט דרך קבוצות המידע הממומנות: BDGP(Berkeley Drosophila Genome Project), EDGP (European Drosophila Genome Project), ו-FlyBase.קבוצות אלו זיהו שרוב סוגי הנתונים של [[פרויקט הגנום]] והקהילה חופפים. הם החליטו שזה יהיה בעל ערך להציג לקהילה המדעית תצוגה משולבת של הנתונים. באוקטובר 1992, המרכז הלאומי לחקר הגנום האנושי של ה-NIH מימן את פרויקט FlyBase במטרה לתכנן, לבנות ולשחרר מסד נתונים של מידע גנטי ומולקולרי לגבי דרוזופילת המחקר. נכון לעכשיו, פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי תסיסנית ומדעני מחשב ב: אוניברסיטת הרווארד, אוניברסיטת קיימברידג' (בריטניה), אוניברסיטת אינדיאנה ואוניברסיטת ניו מקסיקו.
בשנת 1992, נתונים על הגנטיקה והגנומיקה של זבוב הדרוזופילה ומינים קשורים היו זמינים אלקטרונית דרך האינטרנט דרך קבוצות המידע הממומנות: BDGP(Berkeley Drosophila Genome Project), EDGP (European Drosophila Genome Project), ו-FlyBase.קבוצות אלו זיהו שרוב סוגי הנתונים של [[פרויקט הגנום]] והקהילה חופפים. הם החליטו שזה יהיה בעל ערך להציג לקהילה המדעית תצוגה משולבת של הנתונים. באוקטובר 1992, המרכז הלאומי לחקר הגנום האנושי של ה-NIH מימן את פרויקט FlyBase במטרה לתכנן, לבנות ולשחרר מסד נתונים של מידע גנטי ומולקולרי לגבי דרוזופילת המחקר. נכון לעכשיו, פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי תסיסנית ומדעני מחשב ב: אוניברסיטת הרווארד, אוניברסיטת קיימברידג' (בריטניה), אוניברסיטת אינדיאנה ואוניברסיטת ניו מקסיקו <ref>{{cite web|title=FlyBase:About|publisher=flybase.org|url=https://wiki.flybase.org/wiki/FlyBase:About#FlyBase_Consortium|access-date=26 March 2019}}</ref>.


==תוכן==
==תוכן==
FlyBase מכיל ביאור מלא של הגנום של זבוב הדרוזופילה ומתעדכן מספר פעמים בשנה.<ref name="Drysdale">{{cite book
⚫
FlyBase מכיל ביאור מלא של הגנום של זבוב הדרוזופילה ומתעדכן מספר פעמים בשנה. הוא כולל גם ביבליוגרפיה הניתנת לחיפוש של מחקרים על גנטיקה של תסיסנית במאה האחרונה. ניתן לחפש מידע על חוקרים נוכחיים, ואילן יוחסין חלקי של מערכות יחסים בין חוקרים נוכחיים, בהתבסס על רישום המדען המשתתף. האתר מספק גם מסד נתונים גדול של תמונות הממחישות את הגנום המלא, וכמה סרטים המפרטים את העובר.
| last = Drysdale
⚫
כאשר מחפשים ציטולוגיה ישנם שני כלים עיקריים זמינים. שימוש ב-Cytosearch כאשר אתה מחפש גנים או ליקויים ממופים ציטולוגיים, שלא מופו מולקולרית לרצף. שימוש ב-Gbrowse כאשר אתה מחפש רצפים, כניסות או בדיקות Affymetrix ממופה מולקולרית.
| first = Rachel
| author2 = Flybase Consortium
| editor1-last = Dahmann
| editor1-first = Christian
| title = FlyBase: A Database for the ''Drosophila'' Research Community
| series = ''[[Methods in Molecular Biology]]''
| volume = Volume 420
| pages = 45–59
| publisher = Humana Press
| location = Totowa, New Jersey, USA
| date = 2008-07-19
| doi = 10.1007/978-1-59745-583-1_3
| pmid = 18641940}}</ref> It also includes a searchable bibliography of research on ''Drosophila'' genetics in the last century. Information on current researchers, and a partial pedigree of relationships between current researchers, is searchable, based on registration of the participating scientist.<ref>[http://flybase.org/static_pages/people/people_query6.html Find a Person]</ref> The site also provides a large database of images illustrating the full genome, and several movies detailing [[embryogenesis]] ([http://flybase.org/static_pages/imagebrowser/imagebrowser10.html ImageBrowser]). The two major tributaries to the database are the large multispecies data sets deposited by the Drosophila 12 Genomes Consortium (Clark et al 2007) and Crosby et al 2007.<ref name="Tweedie-et-al-2009">{{cite journal | last1=Tweedie | first1=Susan | last2=Ashburner | first2=Michael | last3=Falls | first3=Kathleen | last4=Leyland | first4=Paul | last5=McQuilton | first5=Peter | last6=Marygold | first6=Steven | last7=Millburn | first7=Gillian | last8=Osumi-Sutherland | first8=David | last9=Schroeder | first9=Andrew | last10=Seal | first10=Ruth | last11=Zhang | first11=Haiyan | author12=The FlyBase Consortium | title=FlyBase: enhancing ''Drosophila'' Gene Ontology annotations | journal=[[Nucleic Acids Research]] | publisher=[[Oxford University Press|OUP]] | volume=37 | issue=Database | date=2009-01-01 | issn=0305-1048 | doi=10.1093/nar/gkn788 | pages=D555–D559 | s2cid=332782 | pmid=18948289 | pmc=2686450}}</ref>
⚫
הוא כולל גם ביבליוגרפיה הניתנת לחיפוש של מחקרים על גנטיקה של תסיסנית במאה האחרונה. ניתן לחפש מידע על חוקרים נוכחיים, ואילן יוחסין חלקי של מערכות יחסים בין חוקרים נוכחיים, בהתבסס על רישום המדען המשתתף <ref>[http://flybase.org/static_pages/people/people_query6.html Find a Person]</ref>. האתר מספק גם מסד נתונים גדול של תמונות הממחישות את הגנום המלא, וכמה סרטים המפרטים את העובר.
⚫
כאשר מחפשים ציטולוגיה ישנם שני כלים עיקריים זמינים. שימוש ב-Cytosearch <ref>[http://flybase.org/static_pages/cytosearch/cytosearch15.html Cytosearch]</ref> כאשר אתה מחפש גנים או ליקויים ממופים ציטולוגיים, שלא מופו מולקולרית לרצף <ref>[http://flybase.org/static_pages/downloads/bulkdata7.html Precomputed Files]</ref> BLAST,<ref>[http://flybase.org/blast/ BLAST]</ref>. שימוש ב-Gbrowse<ref>[http://flybase.org/cgi-bin/gbrowse/dmel/ Gbrowse]</ref> כאשר אתה מחפש רצפים, כניסות או בדיקות Affymetrix ממופה מולקולרית.
ישנם שני כלי שאילתה עיקריים ב-FlyBase. כלי השאילתה הראשי הראשון נקרא Jump to Gene (J2G). זה נמצא בפינה השמאלית העליונה של סרגל הניווט הכחול בכל עמוד של FlyBase. כלי זה שימושי כאשר אתה יודע בדיוק מה אתה מחפש וברצונך לעבור לדף הדוח עם הנתונים הללו. כלי השאילתה הראשי השני נקרא QuickSearch. זה ממוקם בדף הבית של FlyBase. כלי זה שימושי ביותר כאשר אתה רוצה לחפש משהו במהירות שאולי אתה יודע רק מעט עליו. ניתן לבצע חיפוש בתוך סוג זבוב מסוים בלבד או בתוך כל המינים. ניתן לחפש נתונים שאינם גנים באמצעות תפריט 'מחלקת נתונים'.
ישנם שני כלי שאילתה עיקריים ב-FlyBase. כלי השאילתה הראשי הראשון נקרא Jump to Gene (J2G). זה נמצא בפינה השמאלית העליונה של סרגל הניווט הכחול בכל עמוד של FlyBase. כלי זה שימושי כאשר אתה יודע בדיוק מה אתה מחפש וברצונך לעבור לדף הדוח עם הנתונים הללו. כלי השאילתה הראשי השני נקרא QuickSearch. זה ממוקם בדף הבית של FlyBase. כלי זה שימושי ביותר כאשר אתה רוצה לחפש משהו במהירות שאולי אתה יודע רק מעט עליו. ניתן לבצע חיפוש בתוך סוג זבוב מסוים בלבד או בתוך כל המינים. ניתן לחפש נתונים שאינם גנים באמצעות תפריט 'מחלקת נתונים'.


גרסה מ־00:19, 15 בדצמבר 2021

פלייבייס (FlyBase)[1] הוא מסד נתונים ביואינפורמטיקאי מקוון והמאגר העיקרי של נתונים גנטיים ומולקולריים עבור משפחת החרקים התסיסניתיים, הידועים גם בתור דרוזופילה (Drosophilidae)[2]. בעיקר, עבור המין והאורגניזם המודל הנחקר ביותר, תסיסנית המחקר (Drosophila melanogaster). מגוון רחב של נתונים מוצג בפורמטים שונים. מקור המידע בפלייבייס במגוון מקורות, החל מפרויקטים של גנום בקנה מידה גדול ועד לספרות המחקר העיקרית. סוגי נתונים אלה כוללים פנוטיפים מוטנטיים; אפיון מולקולרי של אללים מוטנטיים; סטיות אחרות: מפות ציטולוגיות, דפוסי ביטוי פראי, תמונות אנטומיות, מבנים והחדרות טרנסגניות, מודלים של גנים ברמת רצף וסיווג מולקולרי של תפקודי תוצר גנים [3]. כלי שאילתה מאפשרים ניווט של FlyBase דרך דנ"א או רצף חלבון, לפי שם גן או מוטציה, או דרך מונחים ממספר האונטולוגיות המשמשות ללכידת נתונים פונקציונליים, פנוטיפיים ואנטומיים. מסד הנתונים מציע מספר כלי שאילתה שונים על מנת לספק גישה יעילה לנתונים הזמינים ולהקל על גילוי קשרים משמעותיים בתוך מסד הנתונים.[4] קישורים בין FlyBase לבין מסדי נתונים חיצוניים, כגון BDGP[5] או [6]modENCODE, מספקים הזדמנויות לחקירה נוספת לתוך מסדי נתונים אחרים של אורגניזמים ומשאבים אחרים של מידע ביולוגי ומולקולרי [7]. פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי זבובי דרוזופילה ומדעני מחשב מאוניברסיטת הרווארד ואוניברסיטת אינדיאנה בארצות הברית, ואוניברסיטת קיימברידג' בבריטניה.

רקע

תסיסינית המחקר הייתה אורגניזם ניסיוני מאז תחילת המאה ה-19, ומאז הוצבה בחזית תחומי מחקר רבים [8]. כאשר תחום המחקר הזה התפשט והפך גלובלי, חוקרים שעבדו על אותן בעיות היו זקוקים לדרך לתקשר ולנטר את ההתקדמות בתחום. נישה זו מולאה בתחילה על ידי עלונים קהילתיים כמו שירות המידע של תסיסנית (DIS), שראשיתה ב-1934 כשהתחום החל להתפשט מהמעבדה של תומאס האנט מורגן. החומר בדפים אלה הציג 'קטלוגים' קבועים של מוטציות, וביבליוגרפיות של ספרות התסיסנית. עם התפתחה תשתית מחשבים בשנות ה-80 וה-90, הניוזלטרים הללו פינו את מקומם והתמזגו עם רשימות התפוצה באינטרנט, ואלה הפכו לבסוף למשאבים ונתונים מקוונים. בשנת 1992, נתונים על הגנטיקה והגנומיקה של זבוב הדרוזופילה ומינים קשורים היו זמינים אלקטרונית דרך האינטרנט דרך קבוצות המידע הממומנות: BDGP(Berkeley Drosophila Genome Project), EDGP (European Drosophila Genome Project), ו-FlyBase.קבוצות אלו זיהו שרוב סוגי הנתונים של פרויקט הגנום והקהילה חופפים. הם החליטו שזה יהיה בעל ערך להציג לקהילה המדעית תצוגה משולבת של הנתונים. באוקטובר 1992, המרכז הלאומי לחקר הגנום האנושי של ה-NIH מימן את פרויקט FlyBase במטרה לתכנן, לבנות ולשחרר מסד נתונים של מידע גנטי ומולקולרי לגבי דרוזופילת המחקר. נכון לעכשיו, פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום של חוקרי תסיסנית ומדעני מחשב ב: אוניברסיטת הרווארד, אוניברסיטת קיימברידג' (בריטניה), אוניברסיטת אינדיאנה ואוניברסיטת ניו מקסיקו [9].

תוכן

FlyBase מכיל ביאור מלא של הגנום של זבוב הדרוזופילה ומתעדכן מספר פעמים בשנה.[10] It also includes a searchable bibliography of research on Drosophila genetics in the last century. Information on current researchers, and a partial pedigree of relationships between current researchers, is searchable, based on registration of the participating scientist.[11] The site also provides a large database of images illustrating the full genome, and several movies detailing embryogenesis (ImageBrowser). The two major tributaries to the database are the large multispecies data sets deposited by the Drosophila 12 Genomes Consortium (Clark et al 2007) and Crosby et al 2007.[12] הוא כולל גם ביבליוגרפיה הניתנת לחיפוש של מחקרים על גנטיקה של תסיסנית במאה האחרונה. ניתן לחפש מידע על חוקרים נוכחיים, ואילן יוחסין חלקי של מערכות יחסים בין חוקרים נוכחיים, בהתבסס על רישום המדען המשתתף [13]. האתר מספק גם מסד נתונים גדול של תמונות הממחישות את הגנום המלא, וכמה סרטים המפרטים את העובר. כאשר מחפשים ציטולוגיה ישנם שני כלים עיקריים זמינים. שימוש ב-Cytosearch [14] כאשר אתה מחפש גנים או ליקויים ממופים ציטולוגיים, שלא מופו מולקולרית לרצף [15] BLAST,[16]. שימוש ב-Gbrowse[17] כאשר אתה מחפש רצפים, כניסות או בדיקות Affymetrix ממופה מולקולרית. ישנם שני כלי שאילתה עיקריים ב-FlyBase. כלי השאילתה הראשי הראשון נקרא Jump to Gene (J2G). זה נמצא בפינה השמאלית העליונה של סרגל הניווט הכחול בכל עמוד של FlyBase. כלי זה שימושי כאשר אתה יודע בדיוק מה אתה מחפש וברצונך לעבור לדף הדוח עם הנתונים הללו. כלי השאילתה הראשי השני נקרא QuickSearch. זה ממוקם בדף הבית של FlyBase. כלי זה שימושי ביותר כאשר אתה רוצה לחפש משהו במהירות שאולי אתה יודע רק מעט עליו. ניתן לבצע חיפוש בתוך סוג זבוב מסוים בלבד או בתוך כל המינים. ניתן לחפש נתונים שאינם גנים באמצעות תפריט 'מחלקת נתונים'.

קישורים חיצוניים

  1. ^ https://flybase.org/
  2. ^ Thurmond, Jim; Goodman, Joshua L; Strelets, Victor B; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J; Matthews, Beverley B; Millburn, Gillian; Antonazzo, Giulia; Trovisco, Vitor; Kaufman, Thomas C; Calvi, Brian R; Perrimon, Norbert; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L Sian; Falls, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverley; Sutherland, Carol; Tabone, Christopher; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Brown, Nick; Antonazzo, Giulia; Attrill, Helen; Garapati, Phani; Holmes, Alex; Larkin, Aoife; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Pilgrim, Clare; Trovisco, Vitor; Urbano, Pepe; Kaufman, Thomas; Calvi, Brian; Czoch, Bryon; Goodman, Josh; Strelets, Victor; Thurmond, Jim; Cripps, Richard; Baker, Phillip (8 בינואר 2019). "FlyBase 2.0: the next generation". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D759–D765. doi:10.1093/nar/gky1003. PMC 6323960. PMID 30364959. {{cite journal}}: (עזרה)
  3. ^ Crosby, Madeline A; et al. (2007). "FlyBase: Genomes by the Dozen". Nucleic Acids Research. Oxford Journals. 35 (Database issue): D486–D491. doi:10.1093/nar/gkl827. PMC 1669768. PMID 17099233.
  4. ^ Wilson, RJ; Goodman, JL; Strelets, VB (2008). "FlyBase: integration and improvements to query tools". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D588–93. doi:10.1093/nar/gkm930. PMC 2238994. PMID 18160408.
  5. ^ BDGP
  6. ^ modENCODE
  7. ^ Drysdale, R (2008). FlyBase: a database for the Drosophila research community. Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59. doi:10.1007/978-1-59745-583-1_3. PMID 18641940.
  8. ^ Pete Geiger (2002). "An Introduction to Drosophila Melanogaster". BIOLOGY.ARIZONA.EDU. אורכב מ-המקור ב-2 באוגוסט 2013. {{cite web}}: (עזרה)
  9. ^ "FlyBase:About". flybase.org. נבדק ב-26 במרץ 2019. {{cite web}}: (עזרה)
  10. ^ Drysdale, Rachel; Flybase Consortium (2008-07-19). Dahmann, Christian (ed.). FlyBase: A Database for the Drosophila Research Community. Methods in Molecular Biology. Vol. Volume 420. Totowa, New Jersey, USA: Humana Press. pp. 45–59. doi:10.1007/978-1-59745-583-1_3. PMID 18641940. {{cite book}}: |volume= has extra text (עזרה)
  11. ^ Find a Person
  12. ^ Tweedie, Susan; Ashburner, Michael; Falls, Kathleen; Leyland, Paul; McQuilton, Peter; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Osumi-Sutherland, David; Schroeder, Andrew; Seal, Ruth; Zhang, Haiyan; The FlyBase Consortium (2009-01-01). "FlyBase: enhancing Drosophila Gene Ontology annotations". Nucleic Acids Research. OUP. 37 (Database): D555–D559. doi:10.1093/nar/gkn788. ISSN 0305-1048. PMC 2686450. PMID 18948289. S2CID 332782.
  13. ^ Find a Person
  14. ^ Cytosearch
  15. ^ Precomputed Files
  16. ^ BLAST
  17. ^ Gbrowse
אוחזר מתוך "https://he.wikipedia.org/w/index.php?title=FlyBase&oldid=32783822"