BAM (פורמט קובץ)
מפת עימוד בינארית (BAM) היא פורמט של קובץ המכיל נתונים גולמיים מקיפים של רצף גנום;[1] קובץ זה מורכב מהייצוג הבינארי הדחוס של קובצי ה-Sequence Alignment Map.[2][3]
BAM הוא הייצוג הבינארי הדחוס של SAM (Sequence Alignment Map), ייצוג קומפקטי המאפשר שימוש באינדקסים של עימוד (Alignment) רצף נוקלאוטידים.[4] מטרת השימוש באינדקסים היא לאתר עימודים החופפים למיקום ספציפי במהירות, מבלי לעבור על כל העימודים. לפני יצירת פורמט אינדקס של קובץ BAM, יש למיין את קובץ ה-BAM לפי המזהה של גנום הייחוס משמאל לימין.[5] הפורמט של קובץ BAM הוא BGZF דחוס.
המבנה של קובצי BAM כולל קטע של כותרות בהתחלה (headers) ולאחר מכן את העימוד עצמו:[6]
- כותרת – מכילה את שם הדוגמה, אורך הדוגמה ושיטת העימוד. מקטע העימוד מכיל עימוד המקושר למידע ספציפי במקטע הכותרת.
- עימוד – מכיל את שם הקריאה, רצף הקריאה, איכות הקריאה, מידע על העימוד ותגיות מותאמות אישית. בשם הקריאה כלולים מספר הכרומוזום, קואורדינטת ההתחלה, איכות העימוד ומחרוזת המתארת את ההתאמה.
- סעיף העימוד כולל את הדברים הבאים:
- קבוצת קריאה (RG)
- תג ברקוד (BC)
- איכות עימוד של קצה בודד (SM)
- איכות עימוד של קצה מזווג (AS)
- תג של מרחק עריכה (NM)
- תג שם של המקטע הגנומי (XN)
- סעיף העימוד כולל את הדברים הבאים:
פורמט BAM משתמש במערכת קואורדינטות מבוססת 0, בעוד שפורמט SAM משתמש במערכת קואורדינטות מבוססת 1.
BAM יכול לייצג ערכים בטווח (32^2 ,31^2-).[5]
לצפייה ברשימה של כלים לריצוף ולניתוח שעובדים עם SAM/BAM לחץ כאן.
ראו גם[עריכת קוד מקור | עריכה]
קישורים חיצוניים[עריכת קוד מקור | עריכה]
הערות שוליים[עריכת קוד מקור | עריכה]
- ^ "Carl Zimmer's Game of Genomes, Season 1: Episode 3, BAM Reveals All". STAT. נבדק ב-2016-08-21.
- ^ Li, Heng (2009-06-08). "The Sequence Alignment/Map format and SAMtools" (PDF). Bioinformatics. 25: 2078–9. doi:10.1093/bioinformatics/btp352. PMC 2723002. PMID 19505943.
- ^ "Binary Alignment Map". National Cancer Institute Wiki. נבדק ב-2016-08-21.
- ^ "Genome Browser BAM Track Format". genome.ucsc.edu. נבדק ב-2022-05-05.
- ^ 1 2 "Sequence Alignment/Map Format Specification" (PDF). The SAM/BAM Format Specification Working Group. 3 יוני 2021.
{{cite journal}}: (עזרה) - ^ "BAM File Format". support.illumina.com. נבדק ב-2022-05-05.