BWA
BWA היא תוכנה המשמשת לעימוד רצפים (alignment) כנגד גנום ייחוס גדול, כמו הגנום האנושי. עימוד הרצף שהתוכנה מבצעת הוא שמרני ויאפשר התאמה רק אם היא קיימת. לתוכנה יש שני רכיבים עיקריים, אחד לקריאת רצפים הקצרים מ-150bp והשני לקריאת רצפים ארוכים יותר.
מצבי BWA[עריכת קוד מקור | עריכה]
לBWA יש מצבים שונים המותאמים לאורכי רצף שונים:
- BWA-backtrack
מיועד לקריאה של רצף Illumina עד 100bp.
- BWA-SW
מיועד לקריאה של רצפים ארוכים יותר הנעים בין 70bp ל-1Mbp, בעל תמיכה בקריאה ארוכה ועימוד מפוצל.
- BWA-MEM
בעל תכונות דומות ל־BWA-SW, אך זוהי הגרסה העדכנית ביותר, גרסה זו מומלצת לשאילתות באיכות גבוה מכיוון שהיא מהירה ומדויקת יותר. ל-BWA-MEM יש גם ביצועים טובים יותר מ-BWA-backtrack עבור קריאות Illumina של 70-100bp.
פקודות BWA-MEM[עריכת קוד מקור | עריכה]
יצירת תיקייה ומעבר אליה:
mkdir folder; cd folder $
יצירת האינדקס:
bwa index folder/genome.fa $
דוגמת הרצה:
שורת ההרצה מכילה את הפרטים הבאים :
bwa mem -t 2 folder/genome.fa pair_1.fastq pair_2.fastq > output_file.sam $
ראו גם[עריכת קוד מקור | עריכה]
קישורים חיצוניים[עריכת קוד מקור | עריכה]
- אתר האינטרנט הרשמי של BWA
- מדריך לשימוש בתוכנה (באנגלית)