לדלג לתוכן

גנומיקה השוואתית – הבדלי גרסאות

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
העריכה הבאה ←
תוכן שנמחק תוכן שנוסף
חזותיקוד ויקי
Medinih (שיחה | תרומות)
3 עריכות
כולל פסקאות וכותרות, לקריאה נוספת, הערות שוליים, קישורים.
(אין הבדלים)

גרסה מ־22:33, 18 באוגוסט 2018
דף זה אינו ערך אנציקלופדי
דף זה הוא טיוטה של גנומיקה השוואתית.
דף זה אינו ערך אנציקלופדי
דף זה הוא טיוטה של גנומיקה השוואתית.


גנומיקה השוואתית (Comparative genomics) הינו תחום משנה בגנומיקה, העוסק בניתוח הרצף והמיקום הכרומוזומי של גנים בעלי אותו תפקיד ומידע גנטי בין יצורים שונים (גנים אורתולוגיים) , התחקות אחר ההבדלים ביניהם, הארגון שלהם בגנום והבנת מקורם. פן מרכזי של המחקר בתחום מבוסס על השוואת המיקום הכרומוזומי של קבוצות גנים (סינטניה) והשוואת ארגון וסדר החומר הגנטי בכרומוזומים ממינים שונים[1]. השוואה זו מאפשרת לקבל תמונה של התהליכים והשינויים הגנומיים שקרו במהלך האבולוציה ולהבין פונקציות ותהליכים ביולוגיים שפועלים על גנומים לאור התאמה לנישה האקולוגית הספציפית של יצורים שונים[2]. חקר הגנומיקה ההשוואתית עוסק גם בשינויים אבולוציוניים וזיהוי גנים שמורים, או גנים המעניקים לכל אורגניזם את התכונות הייחודיות שלו בקרב מינים שונים[3], ובפיתוח היפותזות לגבי שינויים אפשריים בבקרה של גנים אלה[4].

השימוש בשיטות ריצוף מתקדמות מאפשר להתחקות אחר הדינמיקה האבולוציונית של פונקציות מולקולריות ותהליכים ביולוגיים[5], ולזהות סמנים גנומיים אשר מסייעים בהשוואה בין גנומים. סמנים אלה יכולים להיות גנים מקודדי חלבון, גנים מקודדי רנ"א, רצפים לא מקודדים, פסאודוגנים, ואלמנטים רגולטוריים, ונקראים עוגני סינטניה (synteny anchors)[6].

היסטוריה

גנומיקה השוואתית יושמה לראשונה לגבי ריצופי גנומים של וירוסים בשנות השמונים של המאה ה-20, שבמהלכן נצברו גנומים שלמים של מגוון וירוסים קטנים של צמחים, בעלי חיים, בקטריה ובקטריופאג'ים. אחד הממצאים באנליזות הראשונות בתחום היה, שרטרו-וירוסים (נגיפים בעלי גנום מבוסס רנ"א) חולקים את האנזים 'רוורס טרנסקריפטאז' - אנזים בעל יכולת להשתמש ברצף רנ"א כתבנית ליצירת רצף דנ"א (בדיוק ההפך מתהליך התיעתוק), עם שתי קבוצות של וירוסי דנ"א ממשפחות ה- hepadnaviruses (כולל Hepatitis B virus) וה-caulimoviruses המדביקים צמחים[7]. אנליזה נוספת חשפה, כי וירוסים קטנים של רנ"א המדביקים חיות (picornaviruses, polio) ואלו שמדביקים צמחים (cowpea mosaic virus) חולקים רצפים דומים שמאפשרים את זיהוי הגנים האורתולוגיים ואת הסדר של חלק מהגנים בגנומים שלהם[8][9][10].

ב-1986 נעשה מחקר הגנומיקה ההשוואתית הראשון בסקלה רחבה יותר, אשר חקר את היחסים בין גנומים שמכילים יותר ממאה גנים כל אחד. במחקר זה הושווה גנום חדש שרוצף מהנגיף varicella zoster לרצפים של גנום הוירוס Epstein-Barr virus.

הגנום הראשון השלם שרוצף של אורגניזם תאי היה של הנגיף Haemophilus influenzae, ב-1995. מאז פרסומו של המאמר השני על החיידק הטפילי Mycoplasma genitalium באותה שנה, התקבלו דיווחים על גנומים חדשים בנוגע למחקרי גנומיקה השוואתית שסללו את הדרך להבנת המבנה והפעילות של הגנום של יצורים אלה.

ב-1997 נעשתה השוואה של הגנומים הראשונים המרוצפים בשלמותם שהראתה שסדר גנים שמור פחות מרצפי חלבון. לדוגמא, השוואה של גנומים מהחיידקים בעלי קירבה אבולוציונית Mycoplasma genitalium ו- Mycoplasma pneumoniae גילתה כי שני הגנומים מורכבים מ-6 מקטעים גדולים עם ארגון דומה של גנים, אם כי סדר ששת המקטעים שונה בין שני הגנומים[11].

פרוייקט הגנום האנושי תרם למחקר הגנומיקה ההשוואתית, שכן לאחר פרסום הטיוטה הראשונה של גנום האדם בשנת 2001[12], התפתחו טכנולוגיות ריצוף מתקדמות, הפחיתו את עלות ריצוף גנומים שלמים, ובכך הפכו את ריצוף הגנום לשיטה נפוצה וזולה יחסית. כך, קיימים כיום מאות רצפי גנומים שלמים מבני אדם המייצגים את האוכלוסיות המרכזיות ברחבי העולם[13]. במקביל, ב-2002 רוצף גנום העכבר באיכות גבוהה[14], אשר אפשר השוואת גנום האדם לזה של העכבר, איתור גנים אורתולוגיים ומקטעים סינטניים. כך ניתן היה לגבש תובנות לגבי ההומולוגיה הקיימת בין גנומי האדם והעכבר: חוקרים הסיקו שבמהלך ה 75-80 מיליון שנה מאז התפצלות האדם מעכבר, ארגון וסדר הגנים נשמר בסקלה הרחבה ו- 90% מגנום האדם נמצא הומולוגי לעכבר. נמצא כי אזורי הסינטניה השמורה מכילים הרבה גנים מכרומוזום אדם ההומולוגים לגנים על כרומוזום עכבר, לעתים בסדר מאוד דומה[15] . לדוגמא, כרומוזום 10 בעכבר מורכב ממקטעים מכרומוזומים שונים בבני אדם[16].

התקדמות שיטות הריצוף, והזמינות של רצפים מהגנום השלם, אפשרו זיהוי גנים וחיזוי הפונקציות שלהם בפלח המינים שהמידע על הרצפים שלהם עדיין מוגבל, ובכך לפצות באופן חלקי על החוסר בנתונים ניסויים[17]. בנוסף, המחקר בתחום הביא לתובנות בהקשר של אבולוציית גנום החולייתנים וגנום האדם בפרט, ופתח דלת להבנת אבולוציית אדם, מחלות והקשר ביניהם[13].

השפעת הגנומיקה ההשוואתית על הבנת תהליכים אבולוציוניים

ישנם תהליכים ושינויים גנומים רבים שקרו במהלך האבולוציה:

שינויים בסידורי גנום, הכפלה של רצפי גנים, התרחבות או הצטמצמות של משפחות גנים

אחת הדרכים להבנת היחסים האבולוציוניים בין יצורים שונים היא בניית עצים פילוגנטיים המאפשרת השוואה בין הגנומים שלהם[15]. מינים קרובים יותר חולקים יותר גנים משותפים. יחד עם זאת, מינים מרוחקים צפויים לאבד חלק מהגנים שהורשו מהאב קדמון המשותף[17]. ישנם אורגניזמים קרובים בעלי מספר שונה של גנים. לדוגמא, מספר הגנים בגנום החיידק E. coli K-12 גדול פי שבעה מזה של הכנימה Buchnera sp. דוגמא נוספת היא שמר האפייה (Saccharomyces cerevisiae), שמכיל לפחות אלפיים גנים פחות מפטריות שק רב תאיות[17]. אנליזות השוואתיות בטפילים גילו, שהצטמצמות במספר גנים יכולה להוביל לחוסר במסלולים ביו-סינטטיים של חומצות אמינו, נוקלאוטידים וקו-פקטורים. כמו כן, בבני אדם וחולייתנים אחרים ישנו חוסר במסלולים ביו-סינטטיים ל-12 חומצות אמיניות. לתופעה זו קיים הסבר אבולוציוני: הגנים האחראיים על סינטזה לא נמצאים בשימוש במצב שבו חומרי המזון נגישים מהסביבה ולכן נעלמים במהלך האבולוציה. יתרה מכך, ברגע שאחד מהגנים נעלם, מופעלים לחצים אבולוציונים בכדי למנוע ביטוי גנים נוספים באותו מסלול על מנת להגן מהצטברות תוצרי ביניים מזיקים לתא[18]. מחקרים נוספים מצאו, שהתרחבות משפחות גנים פרלוגיים (גנים בעלי דמיון ברצף, אבל לא בהכרח בפונקציה) יכולה ללמד על אבולוציית ענפים אבולוציוניים מסויימים[17], והיא אחד המנגנונים העיקריים להסתגלות והתאמה לסביבה[19][20]. דוגמא להתרחבות שקשורה לתפקיד ספציפי באורגניזם היא תכונת הנמטודות C.elegans ליצור קולגן שנדרש לקוטיקולה[21].

העברת גנים בין יצורים שאינם משתייכים לאותו המין (lateral gene transfer)

כבר בהשוואות הראשונות של רצפי גנומים ממינים שונים, התגלתה העובדה שישנה העברת גנים בין יצורים שלא מאותו המין השייכים לשושלות פילוגנטיות מרוחקות[22], למשל ב- E.coli עשרים וחמישה אחוזים מהגנום מורכב מגנים "זרים"[23][24]. באאוקריוטים ישנה העברה ויראלית וטרנספורמציה של דנ"א מהסביבה[25]. תגליות אלו ואחרות הובילו לשינוי בתפיסה הביולוגית ולמחלוקת בנוגע לקיומו של עץ החיים. כמו כן גנים שונים יצרו עצים שונים[17],לכן אנליזה פילוגנטית לא מבוססת על עץ עבור מולקולה ספציפית (כמו רנ"א ריבוזומלי) אלא על כל המידע בגנומים.

החלפה של גנים שאינם אורטולוגיים (non-orthologous gene displacement)

הרעיון של החלפת גנים שאינם אורתולוגיים פותח בהקשר של מציאת סט גנים מינימלי לכל תא. לפיו, פעולות חיוניות מבוצעות באמצעות חלבונים שאינם אורתולוגיים בצורות חיים שונות. למשל, בהשוואת שני רצפי הגנומים הראשונים שרוצפו של הטפילים הפרוקריוטים H. influenzae ו- M.genitalium ניסו להגדיר סט גנים מינימלי חיוני לתאים תחת תנאים סביבתיים מועדפים. טפילים אלו שייכים לשושלות פילוגנטיות מרוחקות, הגנים שלהם הצטמצמו במהלך הסתגלותם לאורח החיים הטפילי והם חולקים גנים שמורים ששיייכים ככל הנראה לסט מינימלי של גנים חיוניים[17]. לעומת זאת, עבור פעולות חיוניות מסויימות (כמו גליצרול tRNA סינטאז), לא נמצאו זוגות גנים אורטולוגיים בשתי הבקטריות, כלומר התרחשה החלפת גנים שאינם אורתולוגיים דרך העברת גנים שאינם מאותו המין או גיוס אנזימים המבצעים את אותה פעילות אנזימטית (אבולוציה מקבילה).

יישומים

גנומיקה השוואתית מאפשרת שילוב של סוגים מידע גנומי שונים מאורגניזמים מגוונים. שילוב זה עושה שימוש באבולוציה על מנת להבין את המנגנון המולקולרי של תכונות (ומחלות) מורכבות[26]. גישה זו עשוייה להביא תועלת רבה להרחבת מושגי עולם החי ולמחקרים אקולוגיים, בעלת השפעות על חקלאות, ביוטכנולוגיה, וזואולוגיה ומשמשת ככלי למציאת ההבדלים בין מיני בעלי חיים וצמחים. בנוסף השיטה מובילה לחידוד ההבנה של הדרך בה התפתחו ענפים מסויימים בעץ החיים האבולוציוני[3], ולעיצוב אסטרטגיות חדשות לשימור מינים נדירים ומינים שמצויים בסכנת הכחדה[27].

כלים

אוסף הכלים לחוקרים ביולוגיים לביצוע מגוון אנליזות השוואתיות הלך וגדל עם השנים במקביל להתפתחות הטכנולוגיה ומאגרי הנתונים הגנומיים[28].

UCSC Browser – אתר המכיל אוסף רחב של גנומים של חולייתנים וחיות מודל יחד עם כלים לאנליזה ויזואלית של מידע, וניתוח נתונים[29].

ENSMBL project – פרוייקט משותף של ה EMBL–EBI ו Welcome Trust Sanger Institute המייצר מאגרי נתוני נגישים של גנומים של חולייתנים ומינים אאוקריוטים[30].

VISTA- תוכניות ומאגרים של אנליזות השוואתיות של רצפים גנומים. יש שתי דרכים להשתמש ב VISTA- ניתן לשים את הרצף שבידי המשתמש או לבחון יישורים קיימים של מינים שונים[31].

BlueJay Genome Browser – כלי ויזואלי לגנומים ואלמנטים שונים בגנום. משתמשים יכולים להעלות נתונים של ביטוי גנים לצורך ויזואליזצייה וניתן להשוות גנומים[32].

(Genome Data Viewer(GDV – שרת גנומי התומך בחקר ואנליזות של יותר מ600 אוספי גנומים אאוקריוטים של (Refseq (The reference sequence collection.[33]

כלים לחקר הגנומיקה בפרוקריוטים

כתוצאה מעלייה בכמות הגנומים המיקרוביאלים הנגישים עלה הצורך בפיתוח גישות באנליזת הגנומים הללו בשיטות השוואתיות. בשנים האחרונות פותחו מספר כלים לחקר הגנומיקה השוואתית בפרוקריוטים[34]:

MicrobesOnline – פלטפורמת גנומיקה השוואתית שפותחה ע"י JGI בשנת 2003. המטרה העיקרית היא לספק למשתמשים פיתרון לאנליזות נתונים גנומים בשימוש בגישות פילוגנטיות. (MBGD (The Microbial Genomes Database- פותחה ב2003, כמאגר נתונים לגנומים מיקורביאליים לאחסון מידע גנומי ותוצאות קלאסטרינג של גנים. היא מספקת תכונות של אנליזות השוואתיות לגנומי בקטריה.

(IMG/M (Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples - אחת מהפלטפורמות הגדולות שמכילה נתונים של רצפי בקטריה, ארכאה, ומיקרואורגניזמים. פותחה ב2008, ומספקת מגוון כלים לניתוח ולויזואליזציה של נתוני גנום.

(EDGAR (Efficient Database framework for comparative genome analysis using BLAST – פלטפורמה לגנים המבוססת על גנומיקה השוואתית ואנליזות להבדלים בין גנים. פורסמה ב 2009, ושימשה כאחד מהכלים התדירים לשימוש בתחום המחקר של הגנום המיקרוביאלי עבור השוואות רחבות היקף ומחקרים פילוגנטיים המבוססים על ריצוף כל הגנום.

EzBiocloud – פלטפורמת ענן שבמאגרה קיימים גני רנ"א ריבוזומלי 16S ונתוני הגנום השלם. השיטה מתמקדת בתכונות אנליזה השוואתיות גנומיות וטקסונומיות. פותחה ע"י ChunLab. EzBiocloud ומחשבת תכונות גנומיות כגון: גודל הגנום, תוכן בסיסי גואנין וציטוזין, פנגנום וגנום ליבה וקבוצות אורתולוגיות לכל סט גנומי השוואתי.

OrtholugeDB – מאגר נתונים ציבורי שפותח ב2013 ע"י Simon Fraser university המאחסן גנים אורתולוגיים לבקטריה וארכאה ומספק חיזוי אורתולוגי לגנומים מרוצפים באופן מלא, ממאגר NCBI RefSeq.

Roary – יישום להרכבת פנגנום (pan genome) שפותח ע"י Welcome Trust Sanger Institute ב2015. הרעיון הבסיסי של יישום זה הוא לבצע סינון וקיבוץ נתונים (clustering) לפני השוואת BLAST. יישום זה מפחית משמעותית את זמן הריצה ודרישות זיכרון לאנליזת אלפי גנומים של פרוקריוטים בתחנת עבודה יחידה.

לקריאה נוספת

  • Bundalovic-Torma C., Parkinson J. (2015) Comparative Genomics and Evolutionary Modularity of Prokaryotes. In: Krogan, PhD N., Babu, PhD M. (eds) Prokaryotic Systems Biology. Advances in Experimental Medicine and Biology, vol 883. Springer, Cham 
  • Singh J, Kaur S, Majithia H. Emerging genetic technologies for improving the security of food crops. Emerging technologies for promoting food security: Overcoming the world food crisis. 2015; 23–41.

הערות שוליים

1.      Poursarebani, N.,Ariyadasa, R.,Zhou, R. et al. Funct Inter Genomics (2013) 13: 339. 

2.     K. Tuohy, D. Del Rio (Eds.) Diet-Microbe Interactions in the Gut: Effects on Human Health and Disease. Elsevier; 2015: 41–51 

3.     Touchman, J. (2010) Comparative Genomics. Nature Education Knowledge 3(10):13   

4.     Alföldi, J., & Lindblad-Toh, K. (2013). Comparative genomics as a tool to understand evolution and disease. Genome Research, 23(7), 1063–1068.

5.     Haft, D. H. (2015). Using Comparative Genomics to Drive New Discoveries in Microbiology. Current Opinion in Microbiology, 0, 189–196.

6.     Choudhuri, S. 2014. Chapter 6 - Sequence Alignment and Similarity Searching in Genomic Databases: BLAST and FASTA*. In Bioinformatics for Beginners pp. 133-155. Academic Press, Oxford.

7.     Toh H, Hayashida H, Miyata T. Sequence homology between retroviral reverse transcriptase and putative polymerases of hepatitis B virus and cauliflower mosaic virus. Nature. 1983;305:827–829.

8.     Ahlquist P, Strauss EG, Rice CM, Strauss JH, Haseloff J, Zimmern D. Sindbis virus proteins nsP1 and nsP2 contain homology to nonstructural proteins from several RNA plant viruses. J. Virol. 1985;53:536–542.

9.     Argos P, Kamer G, Nicklin MJ, Wimmer E. Similarity in gene organization and homology between proteins of animal picornaviruses and a plant comovirus suggest common ancestry of these virus families. Nucleic Acids Res. 1984;12:7251–7267.

10. Haseloff J, Goelet P, Zimmern D, Ahlquist P, Dasgupta R, Kaesberg P. Striking similarities in amino acid sequence among nonstructural proteins encoded by RNA viruses that have dissimilar genomic organization. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984;81:4358–4362.

11.  Himmelreich R, Plagens H, Hilbert H, Reiner B, Herrmann R. Comparative analysis of the genomes of the bacteria Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium. Nucleic Acids Res. 1997;25:701–712.

12. (Lander, E. S. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, 860–921 (2001.

13.  (Alfoldi, J. & Lindblad-Toh, K. Comparative genomics as a tool to understand evolution and disease. Genome Res. 23, 1063–1068 (2013.

14.  (Mouse Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. Nature 420, 520–562 (2002

15.  Hardison, R. C. (2003). Comparative Genomics. PLoS Biology, 1(2), e58. 

16.  (Deloukas, P. et al. The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 10. Nature 429, 375–381 (2004.

17.  Koonin, E.V.; Galperin, M.Y. (2003). Sequence - Evolution - Function: Computational approaches in comparative genomics. Dordrecht: Springer Science+Business Media.

18. Galperin MY, Tatusov RL, Koonin EV. 1999. Comparing microbial genomes: how the gene set determines the lifestyle. In: Organization of the Prokaryotic Genome. R.L. Charlebois, ed., pp. 91–108. ASM Press, Washington, D.C.

19. Nakjang, S. et al. Reduction and expansion in microsporidian genome evolution: new insights from comparative genomics. Genome Biol. Evol. 5, 2285–2303 (2013).

20.  Lespinet O, Koonin EV, Wolf YI, Aravind L. The role of lineage-specific gene family expansion in the evolution of eukaryotes. Genome Res. 2002;12:1048–1059.

21.  Johnstone IL. Cuticle collagen genes. Expression in Caenorhabditis elegans. Trends Genet. 2000;16:21–27

22. Doolittle WF. Phylogenetic classification and the universal tree. Science. 1999;284:2124–2129.

23. Lawrence JG, Ochman H. Molecular archaeology of the Escherichia coli genome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998;95:9413–9417.

24. Ochman H, Lawrence JG, Groisman EA. Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation. Nature. 2000;405:299–304.

25. (Keeling, P. J. & Palmer, J. D. . Nature Rev. Genet. 9, 605–618 (2008

26.  Howard J. Jacob & Anne E. Kwitek. Multifactorial genetics: Rat genetics: attachign physiology and pharmacology to the genome. Nature Reviews Genetics 3, pages 33–42 (2002).

27.  MEADOWS, J. R. S. & LINDBLAD-TOH, K. 2017. Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics. Nat Rev Genet, 18, 624-636.  

28.  Bergman NH, editor. Comparative Genomics: Volumes 1 and 2. Totowa (NJ): Humana Press; 2007.

29.  http://genome.ucsc.edu/index.html

30.  https://archive.is/VZscB

31. http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml

32. Soh, Jung; Gordon, Paul M.K.; Sensen, Christoph W. (2002). Current Protocols in Bioinformatics. John Wiley & Sons, Inc.

33.  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/

34.  Yu J., Blom J., Glaeser S.P., Jaenicke S., Juhre T., Rupp T., Schwengers O., Spanig S., Goesmann A. A review of bioinformatics platforms for comparative genomics. Recent developments of the EDGAR 2.0 platform and its utility for taxonomic and phylogenetic studies. J. Biotechnol.  2017; 261:2–9.

  1. ^ Naser Poursarebani, Ruvini Ariyadasa, Ruonan Zhou, Daniela Schulte, Conserved synteny-based anchoring of the barley genome physical map, Functional & Integrative Genomics 13, 2013-06-28, עמ' 339–350 doi: 10.1007/s10142-013-0327-2
  2. ^ Carlotta De Filippo, Kieran M. Tuohy, Diet-Microbe Interactions in the Gut, Elsevier, 2015, עמ' 17–26
  3. ^ 1 2
    שגיאות פרמטריות בתבנית:צ-מאמר
    פרמטרי חובה [ מחבר ] חסרים         {{{מחבר}}}, Cancer genomics: Prognostic sign, Nature 466, 2010-07-01, עמ' 10–10 doi: 10.1038/466010b
  4. ^ J. Alfoldi, K. Lindblad-Toh, Comparative genomics as a tool to understand evolution and disease, Genome Research 23, 2013-07-01, עמ' 1063–1068 doi: 10.1101/gr.157503.113
  5. ^ Daniel H Haft, Using comparative genomics to drive new discoveries in microbiology, Current Opinion in Microbiology 23, 2015-02, עמ' 189–196 doi: 10.1016/j.mib.2014.11.017
  6. ^ Supratim Choudhuri, Bioinformatics for Beginners, Elsevier, 2014, עמ' 133–155
  7. ^ Hiroyuki Toh, Hidenori Hayashida, Takashi Miyata, Sequence homology between retroviral reverse transcriptase and putative polymerases of hepatitis B virus and cauliflower mosaic virus, Nature 305, 1983-10, עמ' 827–829 doi: 10.1038/305827a0
  8. ^ Yukio Shirako, James H. Strauss, Cleavage between nsP1 and nsP2 initiates the processing pathway of Sindbis virus nonstructural polyprotein P123, Virology 177, 1990-07, עמ' 54–64 doi: 10.1016/0042-6822(90)90459-5
  9. ^ Patrick Argos, Gregory Kamer, Martin J.H. Nicklin, Eckard Wimmer, Similarity in gene organization and homology between proteins of animal picomaviruses and a plant comovirus suggest common ancestry of these virus families, Nucleic Acids Research 12, 1984, עמ' 7251–7267 doi: 10.1093/nar/12.18.7251
  10. ^ J. Haseloff, P. Goelet, D. Zimmern, P. Ahlquist, Striking similarities in amino acid sequence among nonstructural proteins encoded by RNA viruses that have dissimilar genomic organization., Proceedings of the National Academy of Sciences 81, 1984-07-01, עמ' 4358–4362 doi: 10.1073/pnas.81.14.4358
  11. ^ R. Himmelreich, H. Plagens, H. Hilbert, B. Reiner, Comparative analysis of the genomes of the bacteria Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium, Nucleic Acids Research 25, 1997-02-15, עמ' 701–712 doi: 10.1093/nar/25.4.701
  12. ^
    שגיאות פרמטריות בתבנית:צ-מאמר
    פרמטרי חובה [ מחבר ] חסרים         {{{מחבר}}}, Initial sequencing and analysis of the human genome, Nature 409, 2001-02, עמ' 860–921 doi: 10.1038/35057062
  13. ^ 1 2 J. Alfoldi, K. Lindblad-Toh, Comparative genomics as a tool to understand evolution and disease, Genome Research 23, 2013-07-01, עמ' 1063–1068 doi: 10.1101/gr.157503.113
  14. ^
    שגיאות פרמטריות בתבנית:צ-מאמר
    פרמטרי חובה [ מחבר ] חסרים         {{{מחבר}}}, Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome, Nature 420, 2002-12, עמ' 520–562 doi: 10.1038/nature01262
  15. ^ 1 2 Ross C Hardison, Comparative Genomics, PLoS Biology 1, 2003-11-17, עמ' e58 doi: 10.1371/journal.pbio.0000058
  16. ^
    שגיאות פרמטריות בתבנית:צ-מאמר
    פרמטרי חובה [ מחבר ] חסרים         {{{מחבר}}}, Erratum: correction: The DNA sequence of human chromosome 21, Nature 407, 2000-09, עמ' 110–110 doi: 10.1038/35024135
  17. ^ 1 2 3 4 5 6 Eugene V. Koonin, Michael Y. Galperin, Sequence — Evolution — Function, Boston, MA: Springer US, 2003, עמ' 227–294
  18. ^ Michael Y. Galperin, Eugene V. Koonin, Roman L. Tatusov, Organization of the Prokaryotic Genome, American Society of Microbiology, עמ' 91–108
  19. ^ Sirintra Nakjang, Tom A. Williams, Eva Heinz, Andrew K. Watson, Reduction and Expansion in Microsporidian Genome Evolution: New Insights from Comparative Genomics, Genome Biology and Evolution 5, 2013-11-19, עמ' 2285–2303 doi: 10.1093/gbe/evt184
  20. ^ O. Lespinet, The Role of Lineage-Specific Gene Family Expansion in the Evolution of Eukaryotes, Genome Research 12, 2002-07-01, עמ' 1048–1059 doi: 10.1101/gr.174302
  21. ^ Iain L Johnstone, Cuticle collagen genes, Trends in Genetics 16, 2000-01, עמ' 21–27 doi: 10.1016/s0168-9525(99)01857-0
  22. ^ W. F. Doolittle, Phylogenetic Classification and the Universal Tree, Science 284, 1999-06-25, עמ' 2124–2128 doi: 10.1126/science.284.5423.2124
  23. ^ J. G. Lawrence, H. Ochman, Molecular archaeology of the Escherichia coli genome, Proceedings of the National Academy of Sciences 95, 1998-08-04, עמ' 9413–9417 doi: 10.1073/pnas.95.16.9413
  24. ^ Howard Ochman, Jeffrey G. Lawrence, Eduardo A. Groisman, Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation, Nature 405, 2000-05, עמ' 299–304 doi: 10.1038/35012500
  25. ^ Patrick J. Keeling, Jeffrey D. Palmer, Horizontal gene transfer in eukaryotic evolution, Nature Reviews Genetics 9, 2008-08, עמ' 605–618 doi: 10.1038/nrg2386
  26. ^ Howard J. Jacob, Anne E. Kwitek, MULTIFACTORIAL GENETICSRAT GENETICS: ATTACHING PHYSIOLOGY AND PHARMACOLOGY TO THE GENOME, Nature Reviews Genetics 3, 2002-01-01, עמ' 33–42 doi: 10.1038/nrg702
  27. ^ Jennifer R. S. Meadows, Kerstin Lindblad-Toh, Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics, Nature Reviews Genetics 18, 2017-07-24, עמ' 624–636 doi: 10.1038/nrg.2017.51
  28. ^ Č. Vlček, Methods in Molecular Biology 395 and 396: Comparative Genomics, Folia Microbiologica 53, 2008-05, עמ' 271–272 doi: 10.1007/s12223-008-0042-x
  29. ^ UCSC Genome Browser Home, genome.ucsc.edu
  30. ^ "Ensembl Genome Browser". archive.is. 2014-02-20. נבדק ב-2018-08-18.
  31. ^ vista
  32. ^ Jung Soh, Paul M.K. Gordon, Christoph W. Sensen, The Bluejay Genome Browser, Current Protocols in Bioinformatics 37, 2012-03, עמ' 10.9.1–10.9.23 doi: 10.1002/0471250953.bi1009s37
  33. ^ NCBI's genome browser - Genome Data Viewer, www.ncbi.nlm.nih.gov (באנגלית)
  34. ^ J. Yu, J. Blom, S.P. Glaeser, S. Jaenicke, A review of bioinformatics platforms for comparative genomics. Recent developments of the EDGAR 2.0 platform and its utility for taxonomic and phylogenetic studies, Journal of Biotechnology 261, 2017-11, עמ' 2–9 doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.07.010
אוחזר מתוך "https://he.wikipedia.org/w/index.php?title=גנומיקה_השוואתית&oldid=23618097"