טיוטה:GUIDE-Seq
טכניקה בביולוגיה מולקולרית המאפשרת זיהוי in vitro של אירועי עריכת גנום מחוץ למטרה בדנ"א הנגרם על ידי CRISPR/Cas9.
Guide- seq מסתמך על שילוב של אוליגודאוקסינוקלאוטיד דו גדילי (dsODN), מקטע קצר הנכנס לאזורים בהם התרחש שבר דו גדילי וכך מאפשר לזהות אזורים אלו, הכוללים את אתר המטרה (on target) ,אתרים בהם התקבלה עריכה שאינה רצויה (off target) ואתרים בעלי שבר דו גדילי שקיימים באופן טבעי בגנום.[1]לאחר מכן דנ"א המכיל את התג מוגבר באמצעות שני סבבים של PCR בעזרת פריימר המשלים לdsODN. תהליך זה מאפשר לקרוא את הרצפים הסמוכים שמאגפים את ההוספה. התוצר הסופי הוא מגוון של אמפליקונים, המתארים את התפלגות השברים הדו גדילים של המקטע.[1]
חבילת Guide-seq[עריכת קוד מקור | עריכה]
חבילת Guide-seq מיישמת את עיבוד וניתוח נתוני הGuide-seq. חבילה זו לוקחת קריאות רצפים גולמיות (FASTQ) וקובץ המכיל את הפרמטרים של ההרצה כקלט ומפיקה טבלה של אתרי off target כפלט.[2]
הערות שוליים[עריכת קוד מקור | עריכה]
- ^ 1 2 Tsai, Shengdar Q.; Zheng, Zongli; Nguyen, Nhu T.; Liebers, Matthew; Topkar, Ved V.; Thapar, Vishal; Wyvekens, Nicolas; Khayter, Cyd; Iafrate, A. John; Le, Long P.; Aryee, Martin J.; Joung, J. Keith, "GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR-Cas nucleases", Nature Biotechnology
- ^ Ved Topkar, guideseq: The GUIDE-Seq Analysis Package, github, Oct 16, 2015