הקבוצה הוקמה באוקטובר 1987 על בסיס קבוצת הכדורגל של המכון הממלכתי הפדגוגי בקרסנויארסק, בתחילה נקראה מתודיקה לפני ששינתה לשם יניסיי לאחר מכן.
הישג השיא של הקבוצה בליגת העל הוא מקום שלישי בעונת 1995. בשנת 1991 זכתה בטורניר גביע המחזיקות הסובייטי.
בתחילת עונת 2021 הקבוצה השוותה עם זבזדה-2005, הפסידה לזניט וניצחה את ריאזאן. הסנסציה הראשונה של העונה ציפתה לאוהדים במחזור השישי — תבוסה מוחצת של לוקומוטיב, 0:7. במקביל, שחקניות "ייניסי" הצליחו לשקם את עצמן במחזור העשירי, לאחר שחטפו את הניצחון מהמוסקבאיות, 1:0. תרחיש דומה הוא במשחקים מול צסק"א. במחזור הרביעי הקבוצה מקרסנויארסק הפסידה 0:3, ובמחזור ה-13 היא נקמה עם 1:0, ב-28 ביוני. המשחק ב־28 ביוני היה הניצחון הראשון של יניסיי על צסק"א באליפות הלאומית. לפני כן צסק"א ניצחה עשר פעמים בעשרה מפגשים פנים אל פנים. אחרי המשחק הזה הגיעה סדרה של תבוסות של הקבוצה מקרסנויארסק: רוסטוב, זבזדה, זניט, לוקומוטיב, ריאזאן. סדרת ההפסדים נקטעה רק בתיקו במשחק המחזור ה־18 בליגת העל (יניסיי—צ'רטנובו). המשחק הסתיים בתוצאה 1:1. עם זאת, כבר במשחק הבא לוקומוטיב ניצחה את יניסיי בתוצאה מוחצת (8:0). תבוסה מול צסק"א, תיקו עם ריאזאן והפסדים במשחקים עם רוסטוב וזבזדה.
ממשלת מחוז קרסנויארסק
נשרה לליגה הראשונה
חזרה לליגת העל
אתר האינטרנט הרשמי של יניסיי קרסנויארסק
יניסיי קרסנויארסק, ברשת החברתית VK