הדגל הצבאי הימי, בנוסף לדגל הימי האזרחי, הוא גרסה של דגל הלאום. בחלק מן המדינות לא הייתה הבחנה בין הדגל המונף על ספינות צי סוחר לבין ספינות צבאיות, או כפי שנוהגת צרפת שם אין כל הבחנה בין הדגל הלאומי בשימושיו השונים. אולם, ברבות מן המדינות, נותר המנהג להניף דגל ייחודי לספינות הצבא בעינו.
הדגל הצבאי הימי צבוע בדרך כלל בצבעים הבולטים בשמי הים וכולל התקנים השאובים מתוך הדגל הלאומי.
הדגל הימי הצבאי הוא דגל לאומי ואינו דגלוני החרטום אשר כוללים לרוב חלקים מתוך הדגל הלאומי.