סינטניה
בגנטיקה קלאסית, המושג סינטֶניה (synteny; מיוונית: "מאותו קטע") מתאר את הימצאותם של גנים על גבי אותו כרומוזום. כיום המושג משמש גם לתיאור לא רק עצם הימצאותם אלא גם לתיאור הרצף הספציפי של הגנים על גבי הכרומוזום, ולשם כך משמש גם המונח "סינטניה משותפת" (shared synteny).
המושג הקלאסי התבסס על צימוד גנטי בין גנים, כלומר גנים הם בסינטניה כאשר תדירות הרקומבינציה ביניהם היא נמוכה מהצפוי באופן אקראי. יחד עם זאת ייתכן מצב שבו שני גנים הם בסינטניה גם אם תדירות הרקומבינציה אינה נמוכה, למשל כאשר הם מרוחקים מאוד זה מזה. לכן השאלה האם שני גנים הם בסינטניה נחקרת בתחום הגנומיקה המודרנית בשיטות אחרות מלבד תדירות הרקומבינציה, כגון ריצוף DNA, Genome walking ו-Happy mapping.
מכיוון שמינים שונים של יצורים חולקים סינטניה דומה בהתאם למרחק האבולוציוני שלהם, חקר הסינטניה מהווה גישה לבניית עצים אבולוציוניים. במרוצת הזמן אירועי טרנסלוקציה שונים יכולים לשנות את הסינטניה, ולכן יצורים מרוחקים יותר אבולוציונית מציגים סינטניה שונה ולהפך. כמו כן סינטניה הדוקה בין שני גנים יכולה לרמוז על פונקציונליות משותפת ביניהם כלומר לרמוז על קיומו של ערך אדפטיבי להופעתם יחד.
המושג synteny index, או באופן פורמלי SIk, עבור גן מסוים מהווה מדד לדמיון בקרב k שכניו (הגנים הסמוכים לו במרחק k מימין ומשמאל) בין גנומים של יצורים שונים שונים. כאשר מדד זה שווה לאפס משמעות הדבר היא שאין כל גנים משותפים בין שני הגנומים בסביבה של הגן הנבדק. כאשר המדד שווה ל-1 הרי שלגן הנבדק יש אותה סביבה בדיוק בשני הגנומים. המושג genome rearrangement משמש גם הוא להערכת המרחק בין גנומים של יצורים שונים ומשמעותו סך השינויים שיש לבצע בשני הגנומים המושווים על מנת להגיע ל- synteny index השווה ל-1.
מדד דומה נוסף הוא "Gene content", אשר משמעותו נרמול synteny index ביחס לסך הגנים המשותפים בשני הגנומים.