עץ פילוגנטי

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
קפיצה אל: ניווט, חיפוש
עץ החיים. עץ פילוגנטי המתאר את היחס בין ממלכות החיים, על סמך ניתוח rRNA

עץ פילוגנטי או עץ אבולוציוני הוא גרף עץ המייצג את היחסים ההיסטוריים-אבולוציונים המשוערים בין מינים ביולוגים שונים על סמך דמיון גנטי או מורפולוגי ביניהם.

ההנחה שעומדת בבסיס בניית העצים הפילוגנטיים, היא כי אם יש אב קדמון משותף לשני מינים, גם לאחר ספציאציה ייוותרו הגנים האחראיים להיווצרות של חלק מהתכונות. כל קודקוד בגרף הוא טקסון או יחידה טקסונומית (למשל מין של בעל חיים), והפיצול מגדיר שני טקסונים בעלי מוצא משותף. לעתים הגרף בנוי כך שאורך כל ענף בעץ מתאים לפרק זמן אבולוציוני. קודקוד קצה ("עלה") בעץ הוא מין הקיים כיום, וקודקוד פנימי (שאינו קצה) נקרא "יחידה טקסונומית משוערת" שכן אין תצפית ישירה של קיומו. מהיותו עץ, הוא גרף חד-כיווני, כלומר ציר הזמן מתקדם מן ה"גזע" אל ה"עלים".

בעבר, נבנו העצים הפילוגנטיים באמצעות דמיון מורפולוגי בין המינים וכן על סמך שיחזור ההיסטוריה של האורגניזם באמצעות מאובנים, אולם עם השנים החלו למיין את המינים לפי דמיון גנטי.

היסטוריה[עריכת קוד מקור | עריכה]

אחד העצים הפילוגנטיים הראשונים והנודעים ביותר שצוירו היה של צ'ארלס דרווין בספרו מוצא המינים (1859). הביולוגיה האבולוציונית עדיין משתמשת בעץ הפילוגנטי לתיאור אבולוציה של יצורים, כיוון שעצים אלה מעבירים בצורה יעילה את היווצרות המינים שנוצרה תוך כדי הסתגלות של מינים ופיצולים בהמשך השנים.

אחד התורמים המשמעותיים לתחום של בניית עצים פילוגנטיים היה וילי הניג ותרומתיו החשובות ביותר היו השיטה של בדיקת הומולוגיות בין יצורים באמצעות דמיון מורש בין יצורים (כולל ריצוף DNA, בדיקת התנהגות, בדיקות מורפולוגיות וכו') וכן הדגשתו לבדיקת העבר של היצור בעיקר בעזרת מאובנים.

בתחום הביואינפורמטיקה ניתן לבנות עץ פילוגנטי בהינתן מספר רצפים ידועים של מולקולות בעלות תפקוד זהה, כגון רצפי DNA אשר מקודדים לחלבון משותף בין מינים שונים. האלגוריתם של פיץ' והאלגוריתם של סנקוף' הם אלגוריתמים אשר עושים זאת. לשם כך הם משתמשים בשיטת הsmall parsimony, אשר מוצאת את האב הקדמון המשותף הסביר ביותר בהינתן עץ נתון, והיא מסתמכת על large parsimony אשר למעשה מבצעת בדיקת small parsimony על כל העצים האפשריים.

ראו גם[עריכת קוד מקור | עריכה]

קישורים חיצוניים[עריכת קוד מקור | עריכה]

ויקישיתוף מדיה וקבצים בנושא עץ פילוגנטי בוויקישיתוף
P biology.svg ערך זה הוא קצרמר בנושא ביולוגיה. אתם מוזמנים לתרום לוויקיפדיה ולהרחיב אותו.