בשנת 2002 מונה לשר אוצר לסגן ראש הממשלה. כשר אוצר הקים צוות מקצועי של כלכלנים, גוף שהפך לאחר מכן למועצה הלאומית לכלכלה של ממשלת צ'כיה. מדיניות הצנע שלו כללה פיטורי עובדים. בשנים 2006 עבר לאופוזיציה. במרץ 2011 נבחר למנהיג המפלגה ובכך הפך לראש האופוזיציה לממשלתו של פטר נצ'אס. בבחירות לפרלמנט שנערכו בשנת 2013 המפלגה קיבלה 20.45% מהקולות. לאחר סכסוכים פנימיים רבים, הצליחה המפלגה להקים ממשלה קואליציונית עם מפלגות נוספות מהמרכז ומהשמאל. ב-14 ביוני2017, לאחר שפל בתדמית המפלגה, החליט סובוטקה להתפטר מהנהגת המפלגה, אך בחר להישאר ראש ממשלה. באוקטובר 2017 נערכו הבחירות לפרלמנט ולראשות הממשלה נבחר אנדריי באביש מהמפלגה הסוציאל-דמוקרטית.