הבחירות הכלליות באוגנדה התקיימו ב-12 במרץ 2001. יוורי מוסווני הנשיא המכהן זכה ב-69% מהקולות.[1] כל המועמדים היו פוליטיקאים עצמאים, שכן מפלגות פוליטיות נאסרו באותה תקופה באוגנדה. אחוז ההצבעה היה 70.3%.
יוורי מוסווני התמודד על כהונתו השנייה לתפקיד בשנת 2001. הוא התמנה לראשונה בשנת 1986 לאחר שהדיח את הנשיא לשעבר טיטו אוקלו. היריב העיקרי של מוסווני היה קיזה בסיג'ה, שהיה הרופא האישי של מוסווני וקצין צבאי.
הבחירות לפרלמנט של אוגנדה התקיימו באוגנדה ב־26 ביוני2001. באותה תקופה החוקה אסרה על כל המפלגות הפוליטיות, ולכן כל החברים נבחרו כפוליטיקאים עצמאים. 214 מתוך 295 מושבים בפרלמנט עמדו לבחירה,[2] כאשר שאר המושבים שמורים לצבא (אנ'), נוער ונשים.
בסיגייה ביקש לספור רשמית מחדש את ההצבעה בשל חשש זיוף קולות בבחירות. מוסווני גם טען כי יש זיוף קולות, אם כי לטובתו של בסיגייה. הוא גם העיר שהוא היה אמור לזכות ב-75% מהקולות. קבוצת פיקוח הבחירות מצאה זיוף מזערי בקלות.[3][4] אך בהחלטת הרוב דחה בית המשפט העליון את עתירתו של בסיגייה לספירת קולות חוזרת.[5][6] זמן קצר לאחר שנבחר לקדנציה שנייה כנשיא, התחייב מוסווני להתפטר לפני הבחירות (אנ') הבאות, אך לאחר מכן חזר בהבטחתו.[7]
