מאגר מידע מקוון של הגנום

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
קפיצה לניווט קפיצה לחיפוש

מאגר מידע מקוון של הגנום (GOLD) הינו משאב מידע מבוסס אינטרנט המשמש להשוואת מידע של מיזמי ריצוף גנומי ומטאגנומי, ומטא דאטה הקשור אליהם, ברחבי העולם. כיום מוצגים באתר נתוני גרסה 7 של המאגר.[1] מאז שנת 2011 מאגר המידע GOLD נוהל על ידי DOE Joint Genome Institute.

מאגר המידע GOLD נוצר בשנת 1997; הגרסה הראשונה של מאגר הנתונים הכילה מידע מ-350 מיזמי ריצוף, שמתוכם 48 רוצפו במלואם ופורסמו עם ניתוחי המידע שלהם.[1]

הגרסה החמישית של GOLD פורסמה ב-28 במאי 2014. ב-5 באוגוסט 2015, מאגר GOLD מכיל מידע מ-67,879 מיזמי ריצוף, מתוכם 7,210 הושלמו.[2] מלבד ה-DOE JGI, שלושת התורמים הגדולים למאגר GOLD הם מכון ברוד, J. Craig Venter Institute ובית הספר לרפואה של אוניברסיטת מרילנד.[3]

על מנת להקל על ניתוח השוואתי בין המידע במאגר המידע GOLD לבין מאגרי מידע אחרים (לדוגמה, GenBank, EMBL), מאגר המידע GOLD תומך במפרט minimum information standards metadata המומלץ על ידי Genomic Standards Consortium, ובמיוחד במפרט ה MIxS (Minimum Information about any (x) Sequence).[2] מאגר המידע GOLD מאפשר בנוסף לערוך הגהה לגנום או למטאגנום באמצעות DOE JGI Integrated Microbial Genomes System ומכיל קישורים לכתב העת BioMed Central, Standards in Genomic Sciences, המאפשר למידע מטאגנומי להתפרסם.[2]

קישורים חיצוניים[עריכת קוד מקור | עריכה]

הערות שוליים[עריכת קוד מקור | עריכה]

  1. ^ 1.0 1.1 Kyrpides NC (ספטמבר 1999). "Genomes OnLine Database (GOLD 1.0): a monitor of complete and ongoing genome projects world-wide". Bioinformatics 15 (9): 773–4. PMID 10498782. doi:10.1093/bioinformatics/15.9.773. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 Reddy, T. B. K.; Thomas, A. D.; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, E. A. (27 באוקטובר 2014). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: a metadata management system based on a four level (meta)genome project classification". Nucleic Acids Research 43 (D1): D1099–D1106. PMC 4384021. PMID 25348402. doi:10.1093/nar/gku950. 
  3. ^ "JGI GOLD - Home". בדיקה אחרונה ב-5 באוגוסט 2015.