המועדון הוקם בשנת 1951 בשם סטנדארד וטרן. בשנת 2015, המועדון נמכר לאנשים שרצו להחיות את המועדון ר.ו.ד. מולנבק הוותיק שפורק בשנת 2002. כך שהמועדון החדש קיבל את השם החדש ר.ו.ד. מולנבק. המועדון עלה במהירות בפירמידת הליגות בבלגיה, והעפיל בתוך שנתיים מהליגה החמישית בבלגיה לליגה השלישית בבלגיה.
בדצמבר2021, הוכרז שהמועדון עבר לבעלותו של היזם האמריקאי ג'ון טקסטור, שבבעלותו מספר מועדונים בעלי מוניטין גבוה. ב-13 במאי2023, מולנבק העפילו לליגת העל הבלגית בעקבות זכייה באליפות ליגת המשנה הבלגית, בניצחון 1–0 על קבוצת המילואים של אנדרלכט, כאשר מיקאל בירון כבש את שער הניצחון.[1]