ב-1991 הכריזה ליטא על עצמאותה. מרבית המדינות שהרכיבו את ברית המועצות יוצגו באולימפיאדת ברצלונה במשלחת אחת, ואולם ליטא, בדומה לשכנותיה לטביה ואסטוניה, שלחה משלחת עצמאית. ליטא שלחה למשחקים משלחת של ארבעה ספורטאים, שלוש נשים וגבר אחד,[1] שזכו בשבע מדליות פאראלימפיות, מהן ארבע מדליות כסף ושלוש מארד.
באולימפיאדת הנכים אטלנטה (1996) נשלחו תשעה ספורטאים לייצג את המדינה (שישה גברים ושלוש נשים)[2] ששבו למולדתם עם שיא לאומי של 11 מדליות פאראלימפיות, בהן שלוש מדליות זהב. האתלטיתמלדה באומגרטה הייתה לאחת הספורטאיות הבולטות במשלחת כשזכתה בשתי מדליות זהב וקבעה שני שיאי עולם בקטגוריה בה התחרתה (קטגוריה F41) עם מרחק של 9.07 מטרים בהדיפת כדור ברזל,[3] ותוצאה של 30.80 מטרים בזריקת דיסקוס.[4] ספורטאית נוספת שבלטה במשלחת הייתה אלדונה גריגלינינה (Aldona Grigaliūnienė) שזכתה בתחרות הקפיצה לרוחק, עם שיא עולם של 4.49 מטרים.[5]
גריגלינינה זכתה במדליית הזהב הרביעית בהיסטוריה של ליטא בתחרות הדיפת כדור הברזל באולימפיאדת הנכים אתונה (2004) כשקבעה שיא עולם של 11.07 מטרים.[6]