נולד בשם איידן מרפי (Aidan Murphy) בדרמקונדרה, דבלין שבאירלנד. למד בתיכון סיינט וינסנט בעיר. אחותו, פיונולה מרפי היא שחקנית, ואחיו, ג'ון פול מרפי הוא מחזאי. גילן החל את קריירת המשחק שלו בגיל צעיר בתיאטרון דבלין לנוער, כאשר שיחק את דמותו של ניק בוטום במחזה חלום ליל קיץ. לאחר מכן עבר ללונדון. בשנות התשעים שיחק במספר תפקידי משנה בטלוויזיה ובקולנוע. בשנת 1999 שיחק את דמותו של סטיוארט אלן ג'ונס בסדרה קוויר בעיר בערוץ 4 הבריטי. על תפקיד זה היה מועמד לפרס באפט"א בקטגוריית שחקן ראשי. גילן היה מועמד לפרס טוני על הופעתו במחזהו של הרולד פינטר, השַׁמָּשׁ. בשנת 2003 שיחק בקומדיית הפעולה "צוות שנחאי" בתפקיד הנבל הראשי לורד נלסון רת'בון.
בשנת 2004, לאחר שרשת HBO התרשמה מביצועיו במחזה זה, הוא לוהק לתפקיד ראש העיר תומאס (טומי) קרקטי בסדרה הסמויה, עליו קיבל פרס מטעם אקדמית האירית למשחק, לשחקן הטוב בתפקיד ראשי בסדרת טלוויזיה. בתפקיד זה שיחק חמש שנים. בשנת 2010 הודיעה רשת HBO, על ליהוקו של גילן לסדרה משחקי הכס בתפקיד פיטר "אצבעון" בייליש, עליו היה מועמד בשנית לפרס השחקן הטוב ביותר מטעם האקדמיה האירית למשחק. הוא כיכב עם ג'ייסון סטיית'האם בסרט בליץ. גילן הופיע בתפקיד משני בסרט עלייתו של האביר האפל בשנת 2012.
בשנת 2016 גילם את דמותו של פול סרין במשחק היריות quantum break.
דרמקונדרה, דבלין, אירלנד
איידן גילן, במסד הנתונים הקולנועיים IMDb (באנגלית)
איידן גילן, באתר AllMovie (באנגלית)
איידן גילן, במסד הנתונים הקולנועיים KinoPoisk (ברוסית)
איידן גילן, באתר Discogs (באנגלית)
