ככל הנראה, המילה חודשה על ידי איתמר בן-אב"י, שייעד אותה בתחילה להוראת "חנות ספרים", ובעבור המשמעות הנפוצה כיום חידש את המילה סִפְרִיּוֹן. עם זאת, נראה שבארץ-ישראל העדיפו את סִפְרִיָּה, וזאת משום שבחידושי לשון אחדים כבר נעשה שימוש בסיומת -יָּה לציון אוספים. יש הטוענים כי יחיאל מיכל פינס הוא מחדש המילה (בין השאר משום שהסיומת -יָּה אופיינית למחדשים הירושלמיים הראשונים, שפינס ואליעזר בן-יהודה נמנו עימם). למעשה, אין יודעים מיהו המחדש האמיתי.
מילה נרדפת למילה ספרייה היא המילה בית הספרים. מקור מילה זו היא בספר עזרא: ”וּבַקַּרוּ בְּבֵית סִפְרַיָּא דִּי גִנְזַיָּא מְהַחֲתִין תַּמָּה בְּבָבֶל” (עזרא ו, א) – בתרגום רש"י "ובדקו בבית הספרים שהאוצרות מונחים שם בבבל". בפועל לא נעשה שימוש רב במהלך הדורות בביטוי זה, וכיום השימוש בו הוא בעיקר כחלק משמה הקודם של הספרייה הלאומית של מדינת ישראל: "בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי" שבירושלים, והשימוש כרגיל הוא במילה ספרייה. מילים נרדפות נוספות למילה ספרייה: אוצר ספרים ובית עקד ספרים.
