מהבחינה המבנית, חלבוני משפחת Bcl-2 הם חלבונים גלובולריים קטנים הבנויים בעיקרו של דבר מסלילי אלפא. סלילי אלפא אלו חולקים רצפים הומולוגיים שמורים גנטית (עד ארבעה כאלו), אשר כל אחד מהם מכונה "דומיין BH" (Bcl-2 Homology; כך שקיימים הדומיינים BH3, BH2, BH1 ו-BH4) ובאמצעותם נוצרות האינטראקציות בין החלבונים השונים במשפחה.[3]
ניתן לחלק את משפחת החלבונים הזו, מבחינה פונקציונלית ומבנית, ל-3 תתי-משפחות:[3]
חלבונים פרו-אפופטוטיים - בהם למשל Bax, Bak ו-Bok, ועוד, המורכבים משניים או משלושה דומייני BH.
חלבונים אנטי-אפופטוטיים - לקבוצה זו משתייכים 6 חלבונים: Bcl-xL, Bcl-2 , Bcl-w, BCL-B, MCL-1 ו-A1, ולכל אחד מהם שלושה או ארבעה דומייני BH. חלבונים אלו מנטרלים את פעילותם של קבוצת החלבונים הפרו-אפופטוטיים על ידי יצירת אינטראקציה איתם.
חלבונים בעלי דומיין BH3 בלבד - גם הם חלבונים פרו-אפופטוטיים מבחינת הפונקציה שלהם, אך הם מורכבים מדומיין BH3 בלבד. בקבוצה זו נכללים, בין היתר, החלבונים Bad, Bmf, Noxa וכן Hrk. כאשר יש סיגנל להפעלת אפופטוזה, חלבונים אלו נקשרים לקבוצת החלבונים האנטי-אפופטוטיים במקום החלבונים הפרו-אפופטוטיים, וכך הללו יכולים להוציא לפועל את פעילותם הפרו-אפופטוטית.
נמצא שהן Hrk והן האורתולוג שלו DP5 יוצרים הטרודימריזציה עם החלבונים האנטי-אפופטוטיים Bcl-xL ו-Bcl-2 (באמצעות דומיין BH3), בניסויי In vitro. מחיקה של דומיין BH3 מ-Hrk ביטלה את יכולתו ליצור קשר עם Bcl-xL ו-Bcl-2, וביטלה לחלוטין את הפעילות האפופטוטית שלו.[4]
Hrk מורכב גם מדומיין C טרמינליטראנסממברנלי (בקצה הקרבוקסילי של החלבון) בעל מאפיינים מאוד הידרופוביים, שככל הנראה מסוגל להיקשר לממברנות ביולוגיות ואחראי על המיקום התאי של Hrk בצמוד לממברנה החיצונית של המיטוכונדריה.[4]
Redza-Dutordoir, Maureen, and Diana A. Averill-Bates. "Activation of apoptosis signalling pathways by reactive oxygen species." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research1863.12 (2016): 2977-2992.
Bernabeu, Angela, et al. "Structure of the C-terminal domain of the pro-apoptotic protein Hrk and its interaction with model membranes." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes1768.6 (2007): 1659-1670.