רון שמיר – הבדלי גרסאות
עריכה |
(אין הבדלים)
|
גרסה מ־06:35, 3 בינואר 2021
רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור ישראלי למדעי המחשב הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. הוא מכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה של ריימונד ובוורלי סאקלר, והוא המייסד וראש מרכז אדמונד ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב.
ראשית חייו
רון שמיר נולד בירושלים בשנת 1953, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר למד בגימנסיה העברית רחביה, ירושלים, במשך 12 שנים. בתיכון הוא היה פעיל בצופים ובאתלטיקה; בין הישגיו הוא זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל.
שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל-אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לתואר שני, לימודי חקר ביצועים באוניברסיטת תל-אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת ברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר.
קריירה
השנים הראשונות
שמיר החל את [1] [2] [3] [4] בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנות ליניארי ולשיטת הסימפלקס . עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט. [5] תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו . בהמשך עבד עם דורית ס. הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות. [6]
תורת הגרפים האלגוריתמיים
בתחילת שנות ה -90 שמיר הפנה את מיקודו לתורת הגרפים האלגוריתמים. יחד עם תלמידו, חיים קפלן, ומרטין גולומביץ ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים, [7] בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים . [8] [9] אחד המאמרים שלו בנושא בעיית שביעות הרצון הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה- DNA ; [10] זה סימן את מבואו לתחום הביולוגיה החישובית .
ביואינפורמטיקה
שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי אשכולות לניתוח בעיות ביטוי גנים . המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם האשכולות של HCS . [11] אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999 [12] ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות בעיתון הפכו פופולריות לניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK [13] עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל [14] נמצאים בשימוש רחב.
שמיר הרחיב את מחקריו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות, [15] [16] סידורי גנום מחדש, [17] מציאת מוטיבים רצפים, [18] [19] וויסות תעתיק . [20] [21] כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER, [22] המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה.
המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים.
פעילויות נוספות
שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של ישיבת RECOMB, [23] הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בו במשך שלוש עשרה שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004-2006. הוא ראש מרכז אדמונד ג'יי ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל-אביב ומכהן את הקתדרה לביואינפורמטיקה של ריימונד ובוורלי סאקלר. [24] שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא פיתח הערות הרצאה מקיפות הנמצאות בשימוש נרחב על גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית) ועל ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים / מדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב; הוא מעביר את קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תואר שני. ותואר דוקטור. סטודנטים. כמו כן ערך יחד עם פאבל א 'פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים" [25] .
פרסים
- פרס משפחת קדר למחקר מצטיין, אוניברסיטת תל אביב (2017)
- השב "פרס מבחן הזמן" עבור המאמר "זיהוי מתחמי חלבונים" משנת 2004 [26] (2016)
- נבחר לחבר ISCB על ידי האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (2012)
- נבחר לעמית ACM על ידי האגודה למכונות מחשוב [27] (2012)
- הוסף "פרס מבחן הזמן" על מאמרו "דפוסי ביטוי גנים באשכולות" משנת 1999 [28] (2011)
- הפרס הלאומי למייקל לנדאו למדעים בביואינפורמטיקה [29] (2010)
- יו"ר ריימונד ובוורלי סאקלר לביואינפורמטיקה, אוניברסיטת תל אביב [30] (2003)
- פרס הנייר הטוב ביותר של ISMB על מאמרו "יישור ספקטרום" [31] (2000)
- מלגת אלון מהאקדמיה הישראלית למדעים ומדעי הרוח (1987)
חיים אישיים
שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר. יש להם שלושה בנים: אלון, איתאי ויואב. הם גרים ברחובות, ישראל.
- ^ Ben-Dor, A.; Shamir, R.; Yakhini, Z. (1999), "Clustering gene expression patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–297, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567
- ^ Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Intelligent Systems in Molecular Biology - ISMB, 19 (14): 307–316, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350.
- ^ Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2003), "CLICK and EXPANDER: a system for clustering and visualizing gene expression data", Bioinformatics, 19 (14): 1787–1799, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350
- ^ Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Seagull; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef (2010), "Expander: From expression microarrays to networks and functions", Nature Protocols, 5 (2): 303–22, doi:10.1038/nprot.2009.230, PMID 20134430
- ^ Adler, Ilan; Karp, Richard M.; Shamir, Ron (1987), "A simplex variant solving an m × d linear program in O(min(m^2, d^2)) expected number of pivot steps", Journal of Complexity, 3 (4): 372–387, doi:10.1016/0885-064X(87)90007-0
- ^ Hochbaum, Dorit S.; Shamir, Ron (1991). "Strongly Polynomial Algorithms for the High Multiplicity Scheduling Problem". Operations Research. 39 (4): 648–653. doi:10.1287/opre.39.4.648. ISSN 0030-364X.
- ^ Golumbic, Martin Charles; Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1995), "Graph Sandwich Problems", Journal of Algorithms, 19 (3): 449–473, doi:10.1006/jagm.1995.1047
- ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1996), "Pathwidth, Bandwidth, and Completion Problems to Proper Interval Graphs with Small Cliques", SIAM Journal on Computing, 25 (3): 540–561, doi:10.1137/S0097539793258143
- ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron; Tarjan, Robert E. (1999), "Tractability of Parameterized Completion Problems on Chordal, Strongly Chordal, and Proper Interval Graphs", SIAM Journal on Computing, 28 (5): 1906–1922, doi:10.1137/S0097539796303044
- ^ Golumbic, M.C.; Kaplan, H.; Shamir, R. (1994), "On the Complexity of DNA Physical Mapping", Advances in Applied Mathematics, 15 (3): 251–261, doi:10.1006/aama.1994.1009
- ^ Hartuv, E.; Shamir, R. (2000), "A clustering algorithm based on graph connectivity", Information Processing Letters, 76 (4–6): 175–181, doi:10.1016/S0020-0190(00)00142-3
- ^ Ben-Dor, Amir; Shamir, Ron; Yakhini, Zohar (1999), "Clustering Gene Expression Patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–97, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567
- ^ Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Proceedings ISMB '00, 8: 307–316C, PMID 10977092
- ^ Tanay, A.; Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "Discovering statistically significant biclusters in gene expression data", Bioinformatics, 18 (1): S136–S144, doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136, PMID 12169541
- ^ Ulitsky, I.; Shamir, R. (2007), "Identification of functional modules using network topology and high-throughput data", BMC Systems Biology, 1 (8): 8, doi:10.1186/1752-0509-1-8, PMC 1839897, PMID 17408515
- ^ Mueller, F.J.; Williams, R.; Kostka, D.; Laurent, L.; Ulitsky, I.; Lu, C.; Rao, M.S.; Shamir, R.; Schwartz, P.H. (2008), "Regulatory networks define phenotypic classes of human stem cell lines", Nature, 455 (7211): 401–405, Bibcode:2008Natur.455..401M, doi:10.1038/nature07213, PMC 2637443, PMID 18724358
- ^ Kaplan, H.; Shamir, R.; Tarjan, R.E. (1999), "A Faster and Simpler Algorithm for Sorting Signed Permutations by Reversals", SIAM Journal on Computing, 29 (3): 880–892, doi:10.1137/s0097539798334207
- ^ Elkon, R.; Linhart, C.; Sharan, R.; Shamir, R.; Shiloh, Y. (2003), "Genome-Wide In Silico Identification of Transcriptional Regulators Controlling the Cell Cycle in Human Cells", Genome Research, 13 (5): 773–780, doi:10.1101/gr.947203, PMC 430898, PMID 12727897
- ^ Linhart, C.; Halperin, Y.; Shamir, R. (2008), "Transcription factor and microRNA motif discovery: The Amadeus platform and a compendium of metazoan target sets", Genome Research, 18 (7): 1180–1189, doi:10.1101/gr.076117.108, PMC 2493407, PMID 18411406
- ^ Tanay, A.; Regev, A.; Shamir, R. (2005), "Conservation and evolvability in regulatory networks: The evolution of ribosomal regulation in yeast", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 102 (20): 7203–7208, Bibcode:2005PNAS..102.7203T, doi:10.1073/pnas.0502521102, PMC 1091753, PMID 15883364
- ^ Belle, A.; Tanay, A.; Bitincka, L.; Shamir, R.; O'Shea, E.K. (2006), "Quantification of protein half-lives in the budding yeast proteome", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 103 (35): 13004–9, Bibcode:2006PNAS..10313004B, doi:10.1073/pnas.0605420103, PMC 1550773, PMID 16916930
- ^ Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Seagull; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef (2010), "Expander: From expression microarrays to networks and functions", Nature Protocols, 5 (2): 303–22, doi:10.1038/nprot.2009.230, PMID 20134430
- ^ RECOMB steering committee, including former member Ron Shamir. Accessed January 12, 2014
- ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Members of the steering committee of the Edmond J. Safra Center for Bioinformatics
- ^ Pevzner, Pavel; Shamir, Ron (2011), Bioinformatics for biologists, Cambridge University Press, ISBN 9781107648876
- ^ Sharan, Roded; Ideker, Trey; Kelley, Brian; Shamir, Ron; Karp, Richard M. (ביולי 2005). "Identification of protein complexes by comparative analysis of yeast and bacterial protein interaction data". Journal of Computational Biology. 12 (6): 835–846. doi:10.1089/cmb.2005.12.835. ISSN 1066-5277. PMID 16108720.
{{cite journal}}
: (עזרה) - ^ ACM fellow profile, Association for Computing Machinery
- ^ RECOMB award winners. Accessed January 12, 2014
- ^ Landau Prize Winners for 2010
שגיאות פרמטריות בתבנית:Webarchive
פרמטרי חובה [ url ] חסרים Error in Webarchive template: url ריק. (Hebrew). Accessed January 12, 2014 - ^ The Raymond and Beverly Sackler Chair in Bioinformatics endowed chairs. Accessed January 12, 2014
- ^ Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) keynote speakers, ISMB. Accessed January 12, 2014.