המועדון נוסד ב-1922, כחלק מאגודת הספורט אריס (אנ'). המועדון החל לשחק ב-1928 במסגרת מסודרת של ליגה, כאשר הוקמה ביוון ליגה חצי מקצועית.
עד שנות ה-80 אריס נחשבה למועדון השלישי בחשיבותו ביוון, אחרי פנאתינייקוס ואולימפיאקוס. מתחילת שנות השמונים עד לשנות ה-90 אריס סלוניקי זכתה בשבע אליפויות וחמישה גביעים והייתה הקבוצה היוונית הראשונה שזכתה להצלחה במפעלים האירופים עם העפלתה לשלושה פיינל פורים רצופים של גביע אירופה לאלופות (1988, 1989, 1990). מתחילת שנות ה-90, חלה ירידה משמעותית ביכולותיה הספורטיביות של הקבוצה והיא נחשבת ביוון כקבוצה מהדרג השני. המועדון זכה בשלושה תארים אירופים החל משנות ה-90. בעונת 2015/2016 מתמודדת הקבוצה במסגרת היורוקאפ.