יחסי אסטוניה–מרוקו הם היחסים הדיפלומטיים שבין רפובליקת אסטוניה לבין ממלכת מרוקו. מרוקו הכירה באסטוניה לאחר התנתקותה מברית המועצות ב-24 בספטמבר1991, היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות כוננו ב-22 ביוני1992. קיימת קבוצה פרלמנטרית באסטוניה שנקראת "הקבוצה הפרלמנטרית לידידות אסטוניה-מרוקו".
אסטוניה לא מיוצגת במרוקו בדרג השגרירות ושגרירה בליסבון, פורטוגל מייצג את מדינתו גם במרוקו. בדרג הקונסוליה מיוצגת אסטוניה במרוקו באמצעות קונסולית כבוד שהיא מחזיקה בקזבלנקה ונפתחה בתקופת אסטוניה העצמאית בשנת 1929.
מרוקו לא מיוצגת באסטוניה בדרג השגרירות ושגרירה בהלסינקי, פינלנד מייצג את מדינתו גם באסטוניה.
דצמבר1993 - שר הכלכלה האסטוני ביקר ביקור פרטי במרוקו.
פברואר2003 - שרת החוץ האסטונית ביקרה ביקור רשמי במרוקו. במהלך הביקור השרה פתחה מחדש את הקונסוליה בקזבלנקה (שהפכה לפעילה) ושוחחה עם עמיתה המרוקאי על נושא הסחר בין שתי המדינות.
אפריל2010 - ראש הממשלה האסטוני ביקר ביקור רשמי במרוקו.