אוניברסיטת טרטו (באסטונית: Tartu Ülikool; בגרמנית: Universität Dorpat; ברוסית: Тартуский университет) היא אוניברסיטה קלאסית בעיר טרטו שבאסטוניה. האוניברסיטה נחשבת בעיני אסטונים רבים לאוניברסיטה הלאומית, ומדורגת ראשונה באסטוניה ובין הטובות במזרח-אירופה. האוניברסיטה חברה בקבוצת קוימברה[1] (בה חברות 40 מהאוניברסיטאות החשובות והוותיקות באירופה). היא נוסדה על ידי גוסטב השני אדולף, מלך שוודיה, בשנת 1632[2], והיא האוניברסיטה השנייה הוותיקה באזור אחרי אוניברסיטת וילנה.