האוניברסיטה נוסדה ב-7 בנובמבר1635 בנאג' סומבט או טרנבה, בסלובקיה שהייתה אז חלק מממלכת הונגריה, על ידי הארכיבישוף והתאולוגפטר פאזמאן. ההנהגה ניתנה לישועים. באותו זמן, לאוניברסיטה היו רק שתי מכללות (מכללה לאומנות ומכללה לתאולוגיה) המכללה למשפטים התווספה בשנת 1667 וזו לרפואה הוקמה ב-1769.
אחרי התפרקות מסדר הישועים האוניברסיטה הועברה לבודה (חלק מבודפשט היום). ב-1777 התמקמה האוניברסיטה סופית בפשט בהתאם לכוונות המייסד. עד לקראת סוף המאה ה-19 יהודים לא נתקבלו לעבוד באוניברסיטה. בשנת 1894 ראשון היהודים שהתקבל כפרופסור באוניברסיטה היה יצחק יהודה גולדציהר, אולם בהתחלה לא הוא זכה לזכויות בפקולטה או למשכורת ורק ב-1904 התמנה לפרופסור מן המניין[1].