נוהג וכלב מיחידת עוקץנוהגים וכלבים מיחידת עוקץלוחמי יחידת ימ"מ לצד כלב משטרתיאימון יחידת הכלבנים, שפרעם, 1969לוחמייחידת ספיר של משמר הגבול, המתמחה בפיזור הפגנות ומהומות, לצד פרשיםרכבי צה"ל נושאים שובכים ניידים במהלך מצעד צבאי, 1949יונת דואר על תותח מוסווה במבצע חורב, 1948גדוד נהגי הפרדות (צה"ל) בחנוכת כביש הגבורה
עיקר השימוש הצבאי של צה"ל בבעלי חיים הוא בכלבים. נכון ל-2012, שירתו בצבא כאלף כלבים, רבים מהם ביחידת "עוקץ". בצהל משמשים הכלבים גם ככלבי אבטחה, ששומרים בבסיסי חיל האוויר, כלבי מרדף, כלבי איתור חומר נפץ, כלבי תקיפה ועוד.
שימוש נוסף של כלבים בצה"ל הוא בסיירת אלון של חטיבת החילוץ בה מוכשרים כלבים לאיתור לכודים באתרי הרס.
בזכות כך שהלאמות רגילות לתנאי אקלים קיצוניים, שקטות, ממושמעות ומסוגלות לשאת משקלים כבדים, בצה"ל נעזרים בהן בתרגילים ואימונים לצורך נשיאת ציוד בזמן לחימה.[דרוש מקור]
במהלך השנים הספארי ברמת גן שיתף פעולה עם צה"ל ותרם מספר בעלי חיים. ב-1988 נתרמו מהספארי ראמי סהרה אל אחד ממחסני הנשק של חיל האוויר במטרה ללחך את העשב ולהקטין את הסיכוי לשריפות באזור.
בצה"ל ובמערכת הביטחון ביצעו במשך 2017–2020 ניסויים בקרוב ל-1,000 בעלי חיים שונים, לטובת הכשרות רפואיות ופיתוחי אמצעי לחימה. בין בעלי החיים נמצאים: 40 כלבים, 25 עזים, 10 כבשים, 154 חזירים, 25 שרקנים, 160 פסמונים, 10 עכברים ו-186 חולדות.[3]
במשטרת ישראל קיים "מדור מפעילי בעלי חיים" האחראי לביצוע הכשרות טקטיות למפעילי בעלי חיים בתחום ביטחון הנפש, הרכוש, הפנים והסדר הציבורי בהתאם לאיומים והיעדים של משטרת ישראל.
בין תפקידי המדור נמצאים: קביעת נהלים והנחיה להפעלת בעלי החיים בהתאמה לדרישות המבצעיות ומשימות משטרת ישראל; איתור, מיון והסמכת כוח אדם המיועד להפעלת בעלי החיים; אפיון, רכש, הכשרה ואישור בעלי חיים והאמצעים להפעלתם המבצעית; פיקוח, בקרה ושמירה על הכשירות המבצעית של המפעילים ובעלי החיים; שותפות במחקרים לאומיים ובינלאומיים עם גורמי אקדמיה בתחומי המדע והטכנולוגיה; שיתוף פעולה עם יחידות משטרה מקבילות ברחבי העולם.[4]