המשלחת הראשונה של אינדונזיה למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור. המשלחת כללה 14 ספורטאים שהתחרו בשבעה ענפי ספורט. המשלחת זכתה במדליית ארד יחידה. המשלחת הגיעה להישגים בענף ההרמת משקולות עם זכייה במדליית ארד בקטגוריית עד 53 ק"ג לנערות וסיום במקום החמישי בקטגוריית המשקל עד 62 ק"ג לנערים, ובענף הבדמינטון עם העפלה לרבע הגמר בטורניר היחידים לנערים. ספורטאי המשלחת השתתפו גם בענפים אופניים, קשתות ושחייה. המשלחת סיימה במקומות האחרונים בענפים טאקוונדו וטניס.
המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג הייתה המשלחת הגדולה ביותר שאינדונזיה שלחה עד כה. המשלחת מנתה 27 ספורטאים שהתחרו בעשרה ענפים. המשלחת זכתה במדליית ארד יחידה. המשלחת הגיעה להישגים בענפים בדמינטון עם זכייה במדליית ארד בטורניר הנערים והעפלה לרבע גמר בטורניר הנערות, בהרמת משקולות עם סיום במקום הרביעי בקטגוריית משקל עד 63 ק"ג לנערות, ובשחייה עם העפלה לגמר במשחה 200 מטר בסגנון שחיית פרפר לנערות. ספורטאי המשלחת התחרו גם בענפים אתלטיקה, חתירה, כדורעף חופים, קליעה, קשתות ושיט. נבחרות הכדורסל לנערים ולנערות סיימו במקומות האחרונים בטורניר.
