המשלחת הראשונה של ג'יבוטי למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור. המשלחת כללה ארבעה ספורטאים שהתחרו בשני ענפי ספורט. המשלחה לא הגיעה להישגים בענפים האתלטיקה והשחייה וסיימה במקומות האחרונים או לא הצליחה לסיים את המקצים בהם השתתפה. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג מנתה חמישה ספורטאים שהתחרו בשלושה ענפים. המשלחת זכתה במדליית ארד באתלטיקה בריצת 1500 מטר נערים. המשלחת לא הגיעה להישגים בטניס שולחן ושחייה וסיימה במקומות האחרונים.