ספאלטי התמנה לאימון רומא בשנת 2005 לאחר עונה מצוינת עם אודינזה, במהלכה סיימה הקבוצה במקום הרביעי המוביל למוקדמות ליגת האלופות. כמאמן רומא הוביל אותה במשך 3 עונות רצופות למקום השני בסרייה א', ולארבעה גמרי קופה איטליה רצופים (בין השנים 2005–2008), וזכה בשניים מהם בשנים 2007 ו-2008. כמו כן השתתפה הקבוצה ארבע פעמים בסופרקופה איטליה (מפעל הסופר קאפ האיטלקי), אולם הפסידה בכולם לאלופה אינטר מילאנו. בזירה האירופאית העפיל ספאלטי פעמיים לרבע גמר ליגת האלופות (בעונות 2007/2008 ו-2006/2007) והודח בשתיהן על ידי מנצ'סטר יונייטד. בעונת 2008/2009 העפילה רומא לשמינית גמר המפעל, והודחה לאחר דו-קרב בעיטות עונשין על ידי ארסנל. בשנים 2006 ו-2007 זכה בתואר מאמן השנה של הסרייה א' בעקבות הצלחותיו עם רומא.
כמאמן זניט סנקט פטרבורג, הוא זכה בדאבל לשנת 2010 – הן באליפות ליגת העל הרוסית והן בגביע הרוסי והיה למאמן הזר השני בתולדות רוסיה שזוכה באליפות המדינה, לאחר שגם המאמן הזר הראשון בתולדות המדינה, היה מאמן זניט (דיק אדבוקאט). ב-2014 פוטר עקב רצף כישלונות בליגת האלופות ובליגה הרוסית.
במהלך עונת 2015/2016 מונה בפעם השנייה למאמן רומא, לאחר סיום עונת 2016/2017 התפטר מתפקידו, על אף שרומא סיימה במקום השני בליגה האיטלקית.
ב-9 ביוני2017 מונה למאמן קבוצת הכדורגל אינטר מילאנו[1][2]. ב-30 במאי2019 ספאלטי עזב את אינטר, לאחר שהוביל את אינטר פעמיים למקום הרביעי המוביל לליגת האלופות ולכישלון בליגת האלופות (הדחה בשלב הבתים).