בתום המלחמה השתחרר שטראוס בדרגת סגן והועסק כמתורגמן בשירות הצבא האמריקני אשר העניק לו מינוי של סגן נשיא המחוז. במסגרת תפקידו עסק בהקמת המפלגה הנוצרית-סוציאלית של בוואריה. בשנת 1949 נבחר כחבר הבונדסטג ובשנת 1953 מונה על ידי הקנצלרקונראד אדנאואר כחבר הממשלה, ושר לעניינים מיוחדים. בשנת 1955 מונה לשר לענייני אנרגיה גרעינית ובשנת 1956 כשר ההגנה האחראי להקמתו מחדש של הצבא הגרמני החדש – הבונדסוור. בכך הפך שטראוס לשר הצעיר ביותר שהחזיק במשרה זו. בשנת 1961 מונה ליו"ר המפלגה הנוצרית- סוציאליסטית. בשנת 1962 נאלץ שטראוס להתפטר מתפקיד שר ההגנה כתוצאה מחשיפת "פרשת שפיגל".
בשנת 1966 מונה שטראוס לתפקיד שר האוצר של גרמניה וניהל מדיניות של יציבות כלכלית. בשנת 1969 פרשה מפלגתו מן הממשלה, ושטראוס הפך למבקר חריף של הקנצלר וילי ברנדט והקואליציה הסוציאליסטית שלו. בשנת 1976 חבר להלמוט קוהל מנהיג המפלגה הנוצרית-דמוקרטית בבונדסטאג אך פרש ממנה לאחר מספר חודשים מחשש לאובדן כוחו במדינת הבחירה שלו בוואריה.
משנת 1978 ועד מותו בשנת 1988, כיהן שטראוס כנשיא מדינת בוואריה ונשיא הבונדסראט. בשנת 1980 התמודד שוב בבחירות הכלליות, הפסיד להלמוט שמידט, והפך למבקר חריף שלו.
שטראוס תמך באיחוד אירופי כולל ואף כתב ספר המפרט את תוכניתו בנושא. הוא היה ממקימי ענקית התעופה האירופית "אירבוס" בשנות ה-70 וכיהן כיו"ר שלה עד למותו בשנת 1988. שדה התעופה הבינלאומי של מינכן קרוי על שמו.
במהלך השנים נקשרו בשמו של שטראוס מספר האשמות הנוגעות לטוהר המידות. לוביסט של חברת לוקהיד העיד בפני חוקרי הסנאט האמריקני כי לשטראוס שולם בשנת 1961 סכום של כ-10 מיליון דולר בעודו מכהן כשר ההגנה של גרמניה על מנת שיעדיף את רכישתם של 900 מטוסי קרב מתוצרת החברה במה שנודע לאחר מכן כ"פרשיות השוחד של לוקהיד". שטראוס הכחיש את האשמה ואף תבע בתביעת דיבה את הלוביסט. משלא הוצגו הוכחות להאשמות, גוועה הפרשייה מעצמה.
בשנת 1962 נעצר לבקשתו של שטראוס, העורך הראשי והמו"ל של המגזין רב התפוצה דר שפיגל והוחזק במעצר במשך 103 ימים לאחר שהואשם בבגידה כחלק במה שכונה "שערוריית דר שפיגל". שטראוס הודה כי שיקר לפרלמנט והוכרח להתפטר. לטענתו "זכה ליחס של יהודי המופיע בוועידת המפלגה הנאצית".
בשנת 1983 נקבע כי שטראוס אחראי להלוואה על סך 3 מיליארד מארק שהוענקה למזרח גרמניה. אישור ההלוואה היה בניגוד מוחלט לעמדת מפלגתו אשר תמכה במדיניות שמטרתה התמוטטות כלכלית של מזרח גרמניה. הדבר גרם לפילוג במפלגה, ושטראוס הוחזק כאחראי לכך.
בשנת 1984 ערך ביקור אצל מנהיג אלבניה, שבאותה העת הייתה מדינה מבודדת ומסוגרת ושום מנהיג מערבי לא ביקר בה.
בכתבת תחקיר שפורסמה[1] במגזין הגרמני דר שפיגל בחודש יוני 2012 נחשף שטראוס כאחד מראשי מערך הסיוע הצבאי הגרמני לישראל. כבר בראשית שנות ה-60 בתקופה ששימש כשר ההגנה של מערב גרמניה, תמך באופן אינטנסיבי בהעברת אמצעי לחימה ופיתוחים של טכנולוגיות צבאיות חדשניות לישראל. שטראוס ראה בפעילות זו גם את יתרונות הפן הפוליטי של קבלת לגיטימציה בין-לאומית אפקטיבית בחסות מדינתם של ניצולי השואה. במאי 1963 הגיע לביקור רשמי בישראל.
על פי התחקיר הנ"ל, גולת הכותרת של פעילותו לטובת מערכת הביטחון הישראלית הייתה הסיוע הדיסקרטי שנתן לפיתוח מערכות הנשק הגרעיני של ישראל. בשנת 1961 נפגש שטראוס בפריז עם שמעון פרס ודוד בן-גוריון אשר שיתפו אותו בכוונותיה של ישראל להצטייד במערכות אלה. העיתונאי רונן ברגמן טוען כי ישראלים מעטים בלבד מודעים לחוב הגדול שמדינת ישראל חייבת לפרנץ יוזף שטראוס ולפעילותו למען ביטחונה.[3]