תומר יפרח נולד וגדל באשקלון. תומר הוא בנם של מירה ויהונתן יפרח. אביו יהונתן יפרח עלה ממרוקו לארץ ישראל בשנת 1951 והיה, בין היתר, ראש עיריית שדרות השני וחבר הכנסת מטעם מפא"י. אימו מירה היא ילידת ישראל ושניהם הכירו ושירתו יחדיו בגדוד 9 של חיל השריון שלימים פיקד עליו.
תומר יפרח החל את שירותו הצבאי כלוחם בחטיבה 401 של חיל השריון ובהמשך טיפס בסולם הדרגות ופיקד על גדוד 9 בחטיבה 401, בין השאר במהלך מבצע ימי תשובה באוקטובר 2004[1] והוביל את הסבת הגדוד לטנקי מרכבה סימן 4.[2] בשנת 2005 תומר יפרח התמנה למפקד גדוד 196, גדוד ההכשרה של קורס קציני השריון בשיזפון. תחת פיקודו אוחדו כלל הכשרות הפיקוד של חיל השריון תחת גדוד זה. בשנת 2007 מונה תומר לקצין המבצעים של פיקוד המרכז. ב-2009 קודם לדרגת אלוף-משנה ומונה למפקד עוצבת ראם, חטיבת שריון במילואים, כמו כן כיהן כראש מחלקת תורת השריון במפקדת קצין שריון ראשי ופיקד על צוות בקורס מפקדי פלוגות. במסגרת תפקידו כראש מחלקת תורת חיל השריון הוביל שינוי מהותי בתורת הלחימה והתאמתו לשדה הקרב המודרני. במאי 2013 מונה למפקד חטיבה 188 והוביל את החטיבה במהלך מבצע צוק איתן.[3] חטיבת השריון 188 בפיקודו של תומר יפרח לקחה חלק משמעותי במאמץ לגילוי איתור והשמדת מערך המנהרות של חמאס ברצועת עזה. בספטמבר 2015 מונה לקצין אג"םפיקוד הדרום ושימש בתפקיד עד שנת 2017. במסגרת תפקיד זה היה חלק ממאמץ התכנון והביצוע לפתרון בעיית המנהרות מעזה. בתפקידו הבא קודם לדרגת תת-אלוף ומונה לנספח צבאי בסינגפור. במהלך מלחמת חרבות ברזל שימש מנהל לחימה של חטיבה בגזרת עזה.
תת-אלוף תומר יפרח מתגורר בנגבה, נשוי למאיה ולהם שלושה ילדים.