אף שהנפות נקראות "נפות הרשות הפלסטינית", אין לרשות הפלסטינית שליטה ברוב שטחן: מזרח ירושלים בנפת אל-קודס נמצאת בריבונות ישראלית מוחלטת ובה אין לרשות הפלסטינית כל שליטה או מעמד חוקי, מרבית שטח הנפות נמצאת בשליטה ישראלית מלאה וחלק מן השטח נמצא בשליטה ביטחונית ישראלית במקביל לשליטה אזרחית פלסטינית. רק בחלק קטן משטח הנפות מתקיימת שליטה פלסטינית מלאה, וגם שם, אין לרשות הפלסטינית שליטה בכל השטח, מכיוון שכל נפות רצועת עזה נתונות לשלטון חמאס. מכל זה נובע כי החלוקה המנהלית לנפות משמשת לצרכים אזרחיים פנים-פלסטיניים (כדוגמת מנהל אוכלוסין ובחירות) בלבד, ושאין לה כל קשר לחלוקה לצורכי שליטה או ריבונות (ניסיון לחלוקה לצורכי שליטה וריבונות נעשה במסגרת הסכמי אוסלו, בזמן החלוקה לשטח A, שטח B ושטח C).
