הפקולטה למדעי היהדות באוניברסיטת בר-אילן ברמת-גן, היא הגדולה בארץ בתחומה. נכון לשנת 2021, פועלים בפקולטה כ-300 אנשי סגל, 14 מחלקות אקדמיות (המחלקה ללימודי המזרח התיכון,המחלקה לתולדות ישראל ויהדות זמננו, המחלקה ללשון העברית וללשונות שמיות, המחלקה ללימודי ארץ ישראל וארכאולוגיה, המחלקה לספרות עם ישראל, המחלקה לאמנות יהודית, המחלקה לתנ"ך, המחלקה לתלמוד ותורה שבעל פה, המחלקה לפילוסופיה יהודית, החוג הרב תחומי למדעי היהדות),[1] 21 מרכזים ומכוני מחקר ו-28 קתדרות, ובהם כ-2,000 סטודנטים הלומדים ל-3 התארים, ועוד כ-1,500 סטודנטים הלומדים בפקולטה במסגרת מקצוע משני.[2]דיקן הפקולטה הוא פרופ' שמואל רפאל.[3]
המחלקה לתולדות ישראל ויהדות זמננו (ע״ש ישראל וגולדה קושיצקי) - בראשות פרופ' עמנואל פרידהיים. במסגרת המחלקה פועלים[5] המכון לחקר השואה ע"ש ארנולד וליאונה פינקלר, מכון ריבלין לחקר תולדות ארץ ישראל ויישובה, והקתדראות לחקר השואה, למנהיגות בעיתות מצוקה, לחקר תולדות יהדות פולין ותרבותה, לחקר תולדות הרבנות באירופה בדורות האחרונים, לחקר שואת יהדות אירופה, לחקר תולדות היהודים בפרוסיה והקתדרה לחקר תנועת תורה עם דרך ארץ. בנוסף על כל, פועל במחלקה מרכז הלפרן למחקרי תודעה עצמית במסורת היהודית.
המחלקה למחשבת ישראל (פילוסופיה יהודית) - מנוהלת על ידי פרופ' חנוך בן-פזי. במסגרתה פועלים[6] מכון יוסף קרליבך לחקר ההגות היהודית בגרמניה, פורום מתנאל בר-אילן לחקר הגות יהודית צרפתית, מרכז שלמה מוסיוף לחקר הקבלה והקתדרה ע"ש נטלי ואיזידור פרידמן להוראת משנת הרב יוסף דוב הלוי סולובייצ'יק. בספריית המחלקה ישנם כ-25,000 פריטים[7].
המחלקה לתנ"ך - בראש המחלקה עומד פרופ' יונתן גרוסמן[9] והיא עוסקת במגוון תחומים[10]: נבואה, הסיפור המקראי, פרשנות התנ"ך, המסורה והנוסחים השונים, וכן ספרי החכמה והשירה. במסגרת המחלקה פועל המכון לחקר הפרשנות היהודית שנוסד על-ידי פרופ' אוריאל סימון ומנוהל על ידי פרופ' אד גרינשטיין. בנוסף על כך, במחלקה פועל מפעל מקראות גדולות "הכתר" שבראשו עומד פרופ' מנחם כהן[11].
המחלקה לספרות עם ישראל ע"ש נחום ויוסף ברמן - מנוהלת על ידי ד״ר ורד טוהר. במסגרת המחלקה פועל מכון סלטי (Salti) לחקר הלאדינו. בנוסף על כך, בספריית המחלקה ישנם כ-50,000 כותרים[12]. בשנת 1983 הוקם באוניברסיטה המרכז ללימודי יידיש ע"ש רנה קוסטה שסופח לאחר מכן למחלקה.
החוג הרב-תחומי במדעי היהדות - במסגרתו פועלת (מאז באוקטובר 2020) תוכנית מצטיינים בשם "כרמים" הכוללת מלגה, תואר בין תחומי ואפשרות לתעודת הוראה[18]. בנוסף על כך, בחוג מתקיים מסלול "שדות" המעניק תואר אינטרדיספלינארי במדעי היהדות[19].
בית הספר ללימודי יסוד ביהדות - אחראי על העברת 400 קורסים ביהדות (רובם מקוונים[20]) לכלל תלמידי האוניברסיטה. מנוהל על ידי פרופ' טובה גנזל.