רכבת ישראל זכתה לציונים גבוהים יותר מחברות האוטובוסיםדן ואגד בסקר בלתי-תלוי למדידת שביעות רצון. כמעט בכל הפרמטרים (כגון, נכונות להמשיך ולהשתמש בשירותי החברה, שביעות רצון מאדיבות השירות ונכונות להמליץ לאחרים על השירות) זכתה חברת הרכבת לציונים גבוהים (מעל 8 נקודות מתוך 10). (אתר "The Marker" - עשרים-ושמונה באוקטובר 2008)
חברת ההנדסה "אמי מתום" המתכננת את תוואי קו הרכבת המהיר לירושלים עבור רכבת ישראל דרשה לעדכן את תנאי התשלום המגיע לה בהתאם לשינויים התכנוניים הצפויים בתוואי המסילה. חברת הרכבת סירבה לכך, ובתגובה חברת "אמי מתום" אינה מוכנה לבצע את השינויים המתבקשים בתכנון המקורי. המשא-ומתן בין הצדדים נמשך, וצפוי להסתיים בימים הקרובים. ("גלובס" - 27 באוקטובר 2008)
נהגים בשכונת מלחה בירושלים מתלוננים על מחסום הרכבת בקרבת תחנת הרכבת ירושלים מלחה. לטענתם, משך הזמן שבמהלכו המחסום מוּרד ארוך מהרגיל - למרות שבחלק גדול מהזמן הרכבת העומדת בתחנה כלל אינה מוכנה לנסיעה (נוסעים עדיין יורדים מהקרונות או עולים אליהם). רכבת ישראל הודתה כי במפגשים הסמוכים לתחנות הרכבת משך ההמתנה של הנהגים ארוך מהרגיל, משום שלרכבת היוצאת מתחנה לוקח זמן רב יותר לעבור את מפגש כביש-מסילה סמוך. לעומת זאת, סבורים הנהגים, כי דווקא בשל כך ניתן לקצר את משך ההמתנה (המהירות הנמוכה ממילא מאפשרת לרכבת לבלום במקרה הצורך). (אתר "ynet" - עשרים-ושישה באוקטובר 2008)
