198 נבחרות לאומיות נרשמו למוקדמות מונדיאל 2006, והתחרו על 32 מקומות בטורניר הגמר. גרמניה, המארחת, העפילה אוטומטית והותירה 31 מקומות לשאר הנבחרות. לראשונה בהיסטוריה של המונדיאלים נאלצה האלופה המכהנת, ברזיל, להתמודד בטורניר המוקדמות.
32 המקומות במונדיאל חולקו בין קונפדרציות הכדורגל של פיפ"א כמפורט להלן:
הגרלת המשחקים עבור חמש מתוך שש הקונפדרציות נערכה ב-5 בדצמבר 2003 בפרנקפורט שבגרמניה, ואילו הנבחרות של CONMEBOL שיחקו בבית אחד, בדומה לשני טורנירי מוקדמות המונדיאל הקודמים. 194 נבחרות שיחקו לכל הפחות משחק אחד במוקדמות. בסך הכל נערכו 847 משחקים, בהם הובקעו 2,464 שערים (ממוצע של 2.91 שערים למשחק, בדיוק כמו במוקדמות מונדיאל 1994).
חוקי שבירת השוויון בין נבחרות עם מספר נקודות זהה השתנו בהשוואה לטורנירי המוקדמות הקודמים, ונקבע כי סדרי שבירת השוויון יהיו:
- מספר הנקודות הגבוה יותר שהושג במשחקים בין שתי הנבחרות.
- הפרש שערים במשחקים בין שתי הנבחרות.
- מספר השערים הכולל שהובקע במשחקים בין שתי הנבחרות.
- הפרש שערים בכל משחקי הבית.
- מספר שערים כללי במשחקי הבית.
- משחק פלייאוף במיקום נייטרלי, ואם גם זה מסתיים בשוויון הוספת הארכה ודו-קרב פנדלים במקרה הצורך.
- הגרלה.
ערך מורחב – מוקדמות מונדיאל 2006 - אירופה
בדומה לטורנירי המוקדמות הקודמים, 10 הנבחרות מדרום אמריקה השתתפו בליגה ושיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. ארבע הנבחרות הראשונות בבית העפילו ישירות למונדיאל, והנבחרת שסיימה במקום החמישי העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אוקיאניה.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
ברזיל ברזיל
|
34 |
18 |
9 |
7 |
2 |
35 |
17 |
18
|
ארגנטינה ארגנטינה
|
34 |
18 |
10 |
4 |
4 |
29 |
17 |
12
|
אקוודור אקוודור
|
28 |
18 |
8 |
4 |
6 |
23 |
19 |
4
|
פרגוואי פרגוואי
|
28 |
18 |
8 |
4 |
6 |
23 |
23 |
0
|
אורוגוואי אורוגוואי
|
25 |
18 |
6 |
7 |
5 |
23 |
28 |
-5
|
קולומביה קולומביה
|
24 |
18 |
6 |
6 |
6 |
24 |
16 |
8
|
צ'ילה צ'ילה
|
22 |
18 |
5 |
7 |
6 |
18 |
22 |
-4
|
ונצואלה ונצואלה
|
18 |
18 |
5 |
3 |
10 |
20 |
28 |
-8
|
פרו פרו
|
18 |
18 |
4 |
6 |
8 |
20 |
28 |
-8
|
בוליביה בוליביה
|
14 |
18 |
4 |
2 |
12 |
20 |
37 |
-17
|
|
|
ברזיל |
ארגנטינה |
אקוודור |
פרגוואי |
אורוגוואי |
קולומביה |
צ'ילה |
ונצואלה |
פרו |
בוליביה
|
| ברזיל |
- |
3 - 1 |
1 - 0 |
4 - 1 |
3 - 3 |
0 - 0 |
5 - 0 |
3 - 0 |
1 - 0 |
3 - 1
|
| ארגנטינה |
3 - 1 |
- |
1 - 0 |
0 - 0 |
4 - 2 |
1 - 0 |
2 - 2 |
3 - 2 |
2 - 0 |
3 - 0
|
| אקוודור |
1 - 0 |
2 - 0 |
- |
5 - 2 |
0 - 0 |
2 - 1 |
2 - 0 |
2 - 0 |
0 - 0 |
3 - 2
|
| פרגוואי |
0 - 0 |
1 - 0 |
2 - 1 |
- |
4 - 1 |
0 - 1 |
2 - 1 |
1 - 0 |
1 - 1 |
4 - 1
|
| אורוגוואי |
1 - 1 |
1 - 0 |
1 - 0 |
1 - 0 |
- |
3 - 2 |
2 - 1 |
0 - 3 |
1 - 3 |
5 - 0
|
| קולומביה |
1 - 2 |
1 - 1 |
3 - 0 |
1 - 1 |
5 - 0 |
- |
1 - 1 |
0 - 1 |
5 - 0 |
1 - 0
|
| צ'ילה |
1 - 1 |
0 - 0 |
0 - 0 |
0 - 1 |
1 - 1 |
0 - 0 |
- |
2 - 1 |
2 - 1 |
3 - 1
|
| ונצואלה |
2 - 5 |
0 - 3 |
3 - 1 |
0 - 1 |
1 - 1 |
0 - 0 |
0 - 1 |
- |
4 - 1 |
2 - 1
|
| פרו |
1 - 1 |
1 - 3 |
2 - 2 |
4 - 1 |
0 - 0 |
0 - 2 |
2 - 1 |
0 - 0 |
- |
4 - 1
|
| בוליביה |
1 - 1 |
1 - 2 |
1 - 2 |
2 - 1 |
0 - 0 |
4 - 0 |
0 - 2 |
3 - 1 |
1 - 0 |
-
|
|
ברזיל, ארגנטינה, אקוודור ופרגוואי העפילו ישירות למונדיאל, ואורוגוואי העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אוקיאניה.
רק פוארטו ריקו סירבה להשתתף במוקדמות, ו-34 הנבחרות הנותרות התמודדו על 3.5 מקומות במונדיאל. טורניר המוקדמות באזור זה היה מחולק לשלושה סבבים:
- שלב ראשון: 34 הנבחרות חולקו ל-10 בתים בני שלוש נבחרות כל אחד ול-2 בתים בני 2 נבחרות כל אחד. בבתים עם 3 נבחרות היו שני סיבובים של משחקים, כשהנבחרת הטובה ביותר בבית לפי הדירוג העולמי של פיפ"א העפילה ישירות לסיבוב המשחקים השני של הבית. בכל אחד מהסיבובים שיחקו הנבחרות אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ.
- שלב שני: 12 המנצחות של השלב הראשון העפילו לסיבוב השני, בו חולקו הנבחרות לשלושה בתים בני 4 נבחרות כל אחד. הנבחרות בכל בית שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ, ושתי הנבחרות הראשונות בכל בית העפילו לסיבוב הגמר.
- סיבוב הגמר: 6 הנבחרות שיחקו בבית אחד, והתמודדו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. שלוש הנבחרות הראשונות העפילו ישירות למונדיאל, והנבחרת שסיימה במקום הרביעי העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אסיה.
סיבוב ראשון
גרנדה העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
ארצות הברית העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
ברמודה העפילה לשלב השני.
סיבוב שני
אל סלוודור העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
האיטי העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
ג'מייקה העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
סנט לוסיה העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
פנמה העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
קובה העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
קוסטה ריקה העפילה בזכות יתרון שערי חוץ.
סיבוב ראשון
סורינאם העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
גואטמלה העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
האנטילים ההולנדיים העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
הונדורס העפילה לשלב השני.
קנדה העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
דומיניקה העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
מקסיקו העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
סנט קיטס ונוויס העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
סנט קיטס ונוויס העפילה לשלב השני.
סיבוב ראשון
הרפובליקה הדומיניקנית העפילה לסיבוב השני.
סיבוב שני
טרינידד וטובגו העפילה לשלב השני.
סנט וינסנט והגרנדינים העפילה לשלב השני.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
ארצות הברית ארצות הברית
|
12 |
6 |
3 |
3 |
0 |
13 |
3 |
10
|
פנמה פנמה
|
8 |
6 |
2 |
2 |
2 |
8 |
11 |
-3
|
ג'מייקה ג'מייקה
|
7 |
6 |
1 |
4 |
1 |
7 |
5 |
2
|
אל סלוודור אל סלוודור
|
4 |
6 |
1 |
1 |
4 |
2 |
11 |
-9
|
|
|
ארצות הברית ופנמה העפילה לסיבוב הגמר.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
קוסטה ריקה קוסטה ריקה
|
10 |
6 |
3 |
1 |
2 |
12 |
8 |
4
|
גואטמלה גואטמלה
|
10 |
6 |
3 |
1 |
2 |
7 |
9 |
-2
|
הונדורס הונדורס
|
7 |
6 |
1 |
4 |
1 |
9 |
7 |
2
|
קנדה קנדה
|
5 |
6 |
1 |
2 |
3 |
4 |
8 |
-4
|
|
|
קוסטה ריקה וגואטמלה העפילו לסיבוב הגמר.
מקסיקו וטרינידד וטובגו העפילו לסיבוב הגמר.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
| ארצות הברית ארצות הברית
|
22 |
10 |
7 |
1 |
2 |
16 |
6 |
10
|
מקסיקו מקסיקו
|
22 |
10 |
7 |
1 |
2 |
22 |
9 |
13
|
| קוסטה ריקה קוסטה ריקה
|
16 |
10 |
5 |
1 |
4 |
15 |
14 |
1
|
טרינידד וטובגו טרינידד וטובגו
|
13 |
10 |
4 |
1 |
5 |
10 |
15 |
-5
|
| גואטמלה גואטמלה
|
11 |
10 |
3 |
2 |
5 |
16 |
18 |
-2
|
| פנמה פנמה
|
2 |
10 |
0 |
2 |
8 |
4 |
21 |
-17
|
|
|
ארצות הברית, מקסיקו וקוסטה ריקה העפילו ישירות למונדיאל. טרינידד וטובגו העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אסיה.
- ערך מורחב – מוקדמות מונדיאל 2006 - אפריקה
- ערך מורחב – מוקדמות מונדיאל 2006 - אסיה
12 נבחרות מאוקיאניה התחרו על מקום בפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת דרום אמריקה, שהמנצחת בו העפילה למונדיאל. טורניר המוקדמות התחלק לשלושה סבבים. אוסטרליה וניו זילנד העפילו ישירות לסיבוב השני. 10 הנבחרות האחרות חולקו לשני בתים בני חמש נבחרות כל אחד, ושיחקו אחת נגד השנייה פעם אחת. שתי הנבחרות הראשונות בכל בית העפילו לסיבוב השני. בסיבוב השני שובצו כל 6 הנבחרות לבית יחיד, ושיחקו אחת נגד השנייה פעם אחת. שתי הנבחרות הראשונות בבית העפילו לפלייאוף היבשתי, ובו שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. הנבחרת שניצחה בפלייאוף היבשתי העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי.
טורניר זה שימש גם כטורניר גביע אוקיאניה לאומות לשנת 2004, למעט שלב הפלייאוף האחרון.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
איי שלמה איי שלמה
|
10 |
4 |
3 |
1 |
0 |
14 |
1 |
13
|
טהיטי טהיטי
|
8 |
4 |
2 |
2 |
0 |
5 |
1 |
4
|
קלדוניה החדשה קלדוניה החדשה
|
7 |
4 |
2 |
1 |
1 |
16 |
2 |
14
|
טונגה טונגה
|
3 |
4 |
1 |
0 |
3 |
2 |
17 |
-15
|
איי קוק איי קוק
|
0 |
4 |
0 |
0 |
4 |
1 |
17 |
-16
|
|
|
איי שלמה וטהיטי העפילו לסיבוב השני.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
ונואטו ונואטו
|
10 |
4 |
3 |
1 |
0 |
16 |
2 |
14
|
פיג'י פיג'י
|
9 |
4 |
3 |
0 |
1 |
19 |
5 |
14
|
פפואה גינאה החדשה פפואה גינאה החדשה
|
7 |
4 |
2 |
1 |
1 |
17 |
6 |
11
|
סמואה סמואה
|
3 |
4 |
1 |
0 |
3 |
5 |
11 |
-6
|
סמואה האמריקנית סמואה האמריקנית
|
0 |
4 |
0 |
0 |
4 |
1 |
34 |
-33
|
|
|
ונואטו ופיג'י העפילו לסיבוב השני.
| נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
| זכות
|
חובה
|
הפרש
|
אוסטרליה אוסטרליה
|
13 |
5 |
4 |
1 |
0 |
21 |
3 |
18
|
| איי שלמה איי שלמה
|
10 |
5 |
3 |
1 |
1 |
9 |
6 |
3
|
ניו זילנד ניו זילנד
|
9 |
5 |
3 |
0 |
2 |
17 |
5 |
12
|
| פיג'י פיג'י
|
4 |
5 |
1 |
1 |
3 |
3 |
10 |
-7
|
| טהיטי טהיטי
|
4 |
5 |
1 |
1 |
3 |
2 |
24 |
-22
|
| ונואטו ונואטו
|
3 |
5 |
1 |
0 |
4 |
5 |
9 |
-4
|
|
|
אוסטרליה ואיי שלמה העפילו לפלייאוף היבשתי.
אוסטרליה העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת דרום-אמריקה.
אוסטרליה העפילה למונדיאל לאחר ניצחון 4 - 2 בדו-קרב פנדלים.
טרינידד וטובגו העפילה למונדיאל.
13 מבין 32 הנבחרות שהעפילו למונדיאל 2006 לא העפילו למונדיאל 2010: ערב הסעודית (קטיעת רצף של 4 הופעות); קרואטיה וטוניסיה (רצף של 3); קוסטה ריקה, אקוודור, פולין ושוודיה (רצף של 2); אנגולה, צ'כיה, איראן, טוגו, טרינידד וטובגו ואוקראינה (רצף של הופעה אחת).
ערך מורחב – 
גרנדה
גיאנה
ארצות הברית
ברמודה
מונטסראט
אל סלוודור
האיטי
איי טרקס וקייקוס
ג'מייקה
איי הבתולה הבריטיים
סנט לוסיה
פנמה
איי קיימן
קובה
קוסטה ריקה
ארובה
סורינאם
גואטמלה
אנטיגואה וברבודה
האנטילים ההולנדיים
הונדורס
קנדה
בליז
דומיניקה
בהאמה
מקסיקו
איי הבתולה של ארצות הברית
סנט קיטס ונוויס
ברבדוס
הרפובליקה הדומיניקנית
אנגווילה
טרינידד וטובגו
ניקרגואה
סנט וינסנט והגרנדינים
אוסטרליה
איי שלמה
אורוגוואי
בחריין
אנגולה
ארגנטינה
ברזיל
חוף השנהב
קרואטיה
צ'כיה
אקוודור
אנגליה
צרפת
גרמניה (מארחת)
גאנה
איראן
איטליה
יפן
קוריאה הדרומית
הולנד
פרגוואי
פולין
פורטוגל
ערב הסעודית
סרביה ומונטנגרו
ספרד
שוודיה
שווייץ
טוגו
טוניסיה
אוקראינה
