בית המשפט לעניינים מנהליים בחיפה פסק כי רכבת ישראל תמשיך ליהנות מהנחת מדינה של 45% בתשלומי הארנונה עבור תחנת הרכבת חדרה מערב, למרות שהנחת המדינה בוטלה בחוק לפני למעלה מעשור, בשנת 1996. בית המשפט נימק את החלטתו בכך שחברת הרכבת לא הייתה מחויבת להצהיר על אי-זכאותה להנחה בפני עיריית חדרה כשהצדדים חתמו על הסכם ארנונה מחודש ב-2003. הפסיקה של בית המשפט בחיפה מתעלמת מפסיקת בית המשפט לעניינים מנהליים בתל אביב, שחייב את רכבת ישראל לפצות את עיריית תל אביב ב-7 מיליון ש"ח, משום שנהנתה שלא כחוק מהנחת המדינה בתשלומי הארנונה על תחנות הרכבת בעיר. עוד 11 רשויות מקומיות תובעות את ההפרשים בתשלומי הארנונה בגין השימוש בקרקעות תחנות הרכבת שבשטחיהן המוניצפליים. (אתר "The Marker" - שלושים בספטמבר 2007)
חששות בקרב תושבי מודיעין לקראת פתיחתה של תחנת הרכבת מודיעין מרכז בתחילת 2008. התחנה נבנתה ללא מגרשי חנייה (מתוך הנחה שההגעה לתחנה תתבצע בהליכה, בתחבורה ציבורית או בשיטת "הורד וסע") ובאזור צפויה להיווצר מצוקת חנייה. ברכבת ישראל משיבים שחנייה תתאפשר בקניון עזריאלי הסמוך שבנייתו עתידה להסתיים בקרוב. בעיריית מודיעין משיבים שתחנת הרכבת פאתי מודיעין אמורה לתת מענה לנוסעי הרכבת המגיעים לתחנת המוצא ברכבם הפרטי. בתגובה על כך שכבר בימים אלה ישנה מצוקת חנייה בפאתי מודיעין, נמסר שמרכז ישפרו סנטר הסמוך לתחנה יקושר במנהרה אל התחנה ומגרש החנייה שלו יורחב לטובת ציבור המשתמשים בתחנה. (אתר Mnews - עשרים-וארבעה בספטמבר 2007)
בעקבות הדיווח התקשורתי על מיעוט המתמודדים על תפקיד מנכ"ל רכבת ישראל (עשרים בלבד, לעומת כ-80 מועמדים במכרז הקודם על מנכ"לות הרכבת), בעיקר בשל חשש שוועדת האיתור נגועה בשיקולים פוליטיים, הצטרפו למכרז במפתיע עוד כ-60 מתמודדים. לאחר חג הסוכות תחל ועדת האיתור בהליך מיון המועמדים. (אתר "The Marker" - עשרים-וארבעה בספטמבר 2007)
בתגובה לשיטת ההפצה של ישראל היום, סמנכ"ל הנוסעים ברכבת שי איזנברג כתב למו"ל "ישראל היום" אשר בהרב, כי רכבת ישראל אינה מתכוונת להפר את החוזה הקיים בינה לבין מערכת "ישראלי" ולא תתאפשר הפצה של "ישראל היום" בשטחי תחנות הרכבת. איזנברג תובע את עלבונה של הרכבת בשל "התנהגות אגרסיבית" של מפיצי ישראל היום (השארת גיליונות של החינמון מחוץ לתחנות הרכבת וניסיונות לשכנע את מנהלי התחנות שקיים אישור להפצת החינמון), ומעניש את מנהלי המערכת בביטול פגישות שנקבעו עימם תוך כדי איום לתבוע אותם על כל נזק שייגרם לחברת הרכבת. במקביל נמסרה הנחיה למנהלי התחנות לסלק כל גיליון של ישראל היום שיימצא בשטחי תחנות הרכבת ולא לאפשר למפיצי החינמון להיכנס לתחנות.(אתר "גלובס" - 24 בספטמבר 2007)
