בין השנים 1996–1999 הוכשר האזור התת-קרקעי בפינה הדרום-מזרחית של הר הבית, המכונה "אורוות שלמה", לתפילה, ונחנך בשם "אל מצאלה אל-מרואני" (מקום התפילה של מרואן) על ידי הוואקף, בשיתוף הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית. שיא העבודות היו בנובמבר 1999, עת נחפר בור גדול במטרה להכשיר כניסה מונומנטלית למתחם זה. הבור, בעל הממדים 43x36 ובעומק 12 מטרים, נחפר ברובו תוך יום וחצי, תוך שימוש בציוד מכני כבד, ללא חפירה ארכאולוגית מקדימה או פיקוח ארכאולוגי, תוך פגיעה בעתיקות. שפכי העפר מכריית בור זה, יחד עם שפכים נוספים מעבודות בניין וגינון באזורים סמוכים פונו בידי למעלה מארבע מאות משאיות למספר מקומות, וברובן נשפכו בנחל קדרון הסמוך. סביבותיו של הבור רוצפו ובבור עצמו נבנו מדרגות המובילות מטה. מלבד הרס העתיקות עצמן שנפגעו בעת חפירת הבור באמצעים מכניים, הרי שהעתיקות שהיו עשויות להתגלות בחפירה נותקו מהקשרם ובכך איבדו רבות מערכם המדעי.
חורבת ענים: במשך מספר שנים, בעיקר בין 2016 ל-2017 בנו פלסטינים בית ספר, מסגד ומספר בתי מגורים באופן לא חוקי על האתר הארכאולוגי חורבת ענים העליונה (חירבת ע'ווין אל פוקא) הסמוך ליישוב ליבנה בדרום הר חברון.[4]
ארכלאיס: בינואר 2018 נחשף שפלסטינים פגעו עם דחפורים בשרידיה של העיר ארכלאיס שנבנתה על ידי ארכילאוס בנו של הורדוס, ונמצאת בקרבת הכפר הפלסטיני עוג'א א-תחתא.[5][6]
במרכז התמונה נראה טרקטור שמבצע עבודות בנייה בשטח האתר "מזבח הר עיבל". מצד שמאל למטה נראה האתר הפולחני מתקופת המקרא, והגדר הסובבת אותו.תל ארומה: בפברואר 2020 התבצע הרס נרחב על ידי דחפורים וכלים כבדים מטעם הרשות הפלסטינית במבצר שבתל ארומה, שיש שמזהים עם העיר המקראית ארומה בה פעלו אבימלך בן גדעון השופט[7] ויוחנן הורקנוס החשמונאי, ודגל אש"ף הונף במקום.[8][9] בדצמבר 2021 נבנה מסגד פלסטיני על שרידי התל.[10][11] באוגוסט 2022 הכריזה הרשות הפלסטינית על כוונתה להקים גן ארכאולוגי על שרידי המבצר החשמונאי במקום.[12] בהמשך שנת 2022 נסלל כביש אל מעלה התל על ידי הרשות הפלסטינית תוך השחתת ממצאים ארכאולוגיים במקום והטעיית כוחות צה"ל.[13]
תל עיטם: במרץ 2020 תועדו שודדי עתיקות הפוגעים בתל עיטם שבגוש עציון.[14]
מערות בר כוכבא: בינואר 2021 נתפסו על חם פלסטינים מכפרים במערב הר חברון שודדים את מערות בר כוכבא באזור שפלת יהודה.
רוג'ום אל קסאר: בפברואר 2022 חשף "הפורום לישראל ירוקה" תמונות מרוג'ום אל קסאר בגוש עציון, שבהן נראית פגיעה באתר ארכאולוגי אשר בו ממצאים המתוארכים לימי בית ראשון. הפגיעות נעשות על ידי מחצבה פלסטינית פיראטית הפועלת במקום. בתמונות נראית חציבה מאסיבית ליד אספר שבגוש עציון.[24]
בריכות שלמה: בספטמבר 2022 הרס המנהל האזרחי מבנה פלסטיני לא חוקי שנבנה בשטח האתר הארכאולוגי בריכות שלמה.[25] באוגוסט 2023 נמשכו עבודות הבנייה הבלתי חוקיות באתר.[26]
הר הבית: באפריל 2022 בעת ההתפרעויות בהר הבית שימשו עתיקות וממצאים ארכאולוגים לצורך בניית מחסומים כנגד כוחות הביטחון וחסימת הדרך שבה הולכים העולים היהודים להר.[30][31]
גן לאומי שומרון: ביולי 2022 הציתו פלסטינים אש וריססו כתובות גרפיטי באתר שומרון העתיקה (סבסטיה). חלקים נרחבים מהאתר נשרפו, ונזק נגרם לעתיקות ולממצאים הארכאולוגיים במקום.[32] במרץ 2023 פרסמה עיריית סבסטיה בדף הפייסבוק שלה כי היא סללה כביש טבעת בתוך שטח הגן הלאומי שומרון, בתוואי שחודר כ-400 מטר לעומק שטחי C. במהלך העבודות נהרסה החומה ההרודיאנית ונפרצו מערות קבורה מתקופת בית שני שנשדדו והושחתו. אל הקברים הושלכו פגרי חזירים.[33]
חורבת אל מרג'ם: במרץ 2023 נחשף שחלקים מחורבת אל מרג'ם, ובה שרידי יישוב יהודי מימי בר כוכבא באזור קידה, נהרסו ונאטמו לטובת מבנים פלסטיניים לא חוקיים, שנבנים בסיוע אירופי, ובכלל זאת חלל תת-קרקעי עתיק נסתם באמצעות יציקת בטון.[34]
בשלהי שנת 2021 פרסמו ארגון "שומרים על הנצח", "המרכז להגנת עתיקות ישראל" ו"פורום שילה", דו"ח מקיף על מצב העתיקות בשטחי יהודה ושומרון. על פי הדו"ח, במחצית הראשונה של שנת 2020 נסקרו כ-365 אתרים ארכאולוגיים בשטחי יהודה ושומרון. את הסקירה ביצעו ארכאולוגים בכירים וסיירי שטח במטרה למפות את מצב האתרים, את הנזק שנגרם להם ואת גורם הנזק והסיבה.
כ-75% מהאתרים שנסקרו נמצאים בשטח C, באתרים שנמצאים בשטחה של הרשות הפלסטינית ונמנעה גישתם של הסוקרים, נעשה שימוש בתצלומי אוויר וברחפנים. 80% מהאתרים שנסקרו – נפגעו, כלומר 292 אתרים מתוך 365 אתרים. כ-40% מהאתרים שנפגעו, פגיעתם חמורה, ובהם אתרים חשובים למורשת של עם ישראל. עבור חלק לא מבוטל מהאתרים זה כבר מאוחר מדי, והם נמצאים בסטטוס של "בלתי ניתנים לשחזור".
האזור הפגוע ביותר הוא שטח B, ולטענת הדו"ח ניתן להוכיח כי הרשות הפלסטינית פועלת במכוון לעקירת כל עדות לקשר בין העם היהודי לארץ ישראל. בחלק מהמקרים – אנשיה הם אלה שנוהגים בדחפורים, ובמקרים אחרים – היא יודעת ומתעלמת.[29]
בינואר 2022 הקצה השר לענייני ירושלים ומורשתזאב אלקין תקציב ייעודי לצורך שימור אתרים ארכאולוגיים ביהודה ושומרון.[37] כמו כן השר אלקין הקים ועדה בין משרדית ייעודית לנושא, ובאוגוסט 2022 אושרו גם גיוסי פקחים נוספים לעבודת אכיפה ופיקוח ברחבי יהודה ושומרון במטרה להילחם בהרס העתיקות.[38]
ביולי 2023 פרסם משרד המורשת כי ישנם ברחבי יו"ש 3,064 אתרי מורשת יהודיים, מתוכם 2,452 בשטחי C, כאשר שליש מהם, 1,150, נפגעו בדרגות שונות על ידי פלסטינים. בעקבות זאת החליטו שר המורשת עמיחי אליהו, שר האוצרבצלאל סמוטריץ' ושר התיירותחיים כץ, להקצות 120 מיליון שקלים לשם מאבק בהרס העתיקות, וזאת במספר מישורים: 17 מיליון שקלים יוקצו לפיתוח תשתיות באתרי המורשת ובפעולות הצלה באתרים שנפגעו. 10 מיליון שקלים יוקצו להצבת אמצעי מיגון סביב האתרים ופיקוח עליהם, איסוף מודיעין מקדים וניטור בשטח, רכישת מצלמות ורחפנים, הקמת דרכי גישה ויצירת דרכי הגעה לאתרים. 45 מיליון שקלים יושקעו בהקמת אתרי עוגן קולטי קהל, פיתוח תיירותי וכלכלי ושת"פ עם גורמי תיירות בינלאומיים, 23 מיליון שקלים יוקצו לפרויקטים להנחלת המורשת באוכלוסייה בישראל, ולדיגיטציה ואגירת חומרים היסטוריים. ועוד מיליוני שקלים יוקצו לפעולות הסברה בינלאומיות שיציגו לעולם את הנזק שנגרם להיסטוריה ולארכאולוגיה ברחבי יו״ש.[39]
בדיון שהתקיים ב-24 בפברואר 2022 בועדת החינוך בנושא פגיעה והרס של אתרי מורשת וארכאולוגיה ביהודה ושומרון, קראו חברי הכנסת לממשלה לגבש תוכנית סדורה לשמירה על אתרי המורשת והארכאולוגיה ביהודה ושומרון.
לטענת רשות העתיקות "כמעט כל מערה במדבר יהודה בשטח יהודה ושומרון נשדדה. אם הריבון יגיד לראש רשות העתיקות לטפל בהרס האתרים ביהודה ושומרון נעשה את זה בשמחה – אנחנו הגוף המקצועי שיכול לעשות את זה". נציג מטעם משרד המשפטים אמר: "התחלנו להיערך לנושא הזה, במובן של אכיפת החוק כריבון בשטחי יהודה ושומרון... כדי לגבש פתרון".[40]
בשנת 2015 הוקם על ידי ידי סיירי שטח ומטיילים ארגון הגג 'שומרים על הנצח', קואליציית ארגונים להגנה על אתרי עתיקות ומורשת לאומית ביהודה, שומרון, בקעת הירדן ומדבר יהודה, מפני הרס והשחתה. מטרת המיזם היא "לקדם מדיניות ממשלתית אקטיבית של שמירה ופיתוח של אתרי המורשת הלאומית ולמען הדורות הבאים".
בשלהי 2021 פתחה תנועת אמונים בשיתוף מחלקת תיירות של המועצה האזורית שומרון במבצע שבמסגרתו מגיעים מאות בני נוער מירושלים, שעלבים, פתח תקווה וממקומות נוספים ומסייעים בשיקום האתרים הארכאולוגיים ברחבי השומרון.[41]
ערכים מורחבים – פגיעה ארכאולוגית בעתיקות הר הבית, פרויקט סינון העפר מהר הבית
יפעת ארליך, מלחמת חפירות, באתר "ידיעות אחרונות", 12 בינואר 2017
הרס עתיקות החשמונאים | אתרים היסטוריים ביהודה ושומרון נתונים לביזה והרס עתיקות על ידי הפלסטינים, סרטון בערוץ "עכשיו 14", באתר יוטיוב (אורך: 04:01)
