רפואה שימש כמאמן מחלקת הנוער של מכבי פתח תקווה, ובעונת 2013/2014 מונה למאמן הקבוצה הבוגרת, יחד עם ייטב לוזון[1]. במחזור האחרון ניצלה הקבוצה מירידה לליגה הלאומית, ורפואה עזב את המועדון.
בקיץ 2015 מונה רפואה למאמן קבוצת הנוער של עירוני קריית שמונה, ובפברואר 2016 מונה למאמן קבוצת מכבי שעריים מליגה א'. ב-31 במאי 2016 חזר רפואה למכבי פתח תקווה, ומונה למאמן הראשי. ב-7 בפברואר2017 האריך את חוזהו במועדון בשנתיים[2], ואת העונה סיימה הקבוצה במקום הרביעי בטבלה. רפואה החל עם הקבוצה את העונה שלאחר מכן, וב-17 בספטמבר 2017 התפטר מתפקידו[3].
ב-29 באוקטובר מונה רפואה למאמן הפועל תל אביב בליגה הלאומית, לאחר פיטוריו של מוטי איוניר[4]. בתום עונת 2017/2018 הוביל את הקבוצה לליגת העל, לאחר שסיימה במקום הראשון בטבלה, וחתם על חוזה לעונה נוספת[5]. בתחילת עונת 2018/2019 התקשתה הקבוצה לכבוש שערים, ולאחר עשרה מחזורים בהם כבשה חמישה שערים בלבד, השיגה ניצחון אחד וצברה תשע נקודות, פוטר רפואה מתפקידו ב-25 בנובמבר2018[6], ובמקומו מונה אופיר חיים לתפקיד. הקבוצה המשיכה להציג יכולת חלשה, וב-6 בינואר2019 פוטר חיים מתפקידו, ורפואה שב לאמן את הקבוצה[7][8]. את העונה סיימה הקבוצה במקום השמיני, וב-14 במאי 2019 הודיעה על סיום תפקידו של רפואה בקבוצה בעקבות מחלוקות בינו לבין הנהלת המועדון[9].